生物信息学和化学信息学联手合壁造新药

　　作者：Marian Moser Jones

很多年来生物信息学（Bioinformatics）和化学信息学（Cheminformatics）一直是科学领域内两个互不相干的领域。但是自从去年很多相关公司的合并、收购与合作表明，它们之间的这种壁垒正在消除。

NetGenics公司高级生物信息学家Prasad Kodali说，现在实验研究中产生的各种数据越来越多。一方面是庞大是基因组数据库，另一方面是每天可以筛选数百万种化合物的高通量的化学筛选方法，为了最有效的利用这些信息，理解其中涉及的各种机制，生物信息学和化学信息学的联合已成了必然的趋势。

现在还没有人知道，生物信息学和化学信息学结合后将如何开展工作，这两个领域有着完全不同的语言与操作协议。例如，“活性”（activity）一词在化学中用来特指分子与底物的反应，而在生物学中这个词则泛指有机体或其中某一成分的活性。而且这两个领域在解决同一问题时往往采取不同的方式。

从事生物信息学研究的Lion Bioscience公司采取与外界公司合作的方式来解决这个问题。德国制药巨头Bayer公司宣布出资2500万美元促成Lion公司与老牌化学信息学公司Tripos合作，整合一个统一的信息学平台为他们的药物开发工作服务。这种整合的平台将Tripos公司的MetaLayer信息系统和早于1999年已被Bayer公司所采用的Lion公司的信息平台联合了起来。

Lion公司首席执行官Friedrich von Bohlen说，这项交易是一种思路转换的信号，要加速新药是开发过程，信息处理与开发工具同等重要。Ferrari是一种集高通量筛选、分子建模和基因组数据库分析于一体的信息平台，是生物信息学和化学信息学的完美结合，它将使新药的研发过程大大提速。

八仙过海，各显神通

2500万美元使Lion 公司在这场竞争中处于了领跑的位置，但这真正的考验还在后面。

Pharmacopeia公司负责分子建模的子公司Molecular Simulations公司则在竞争中采取了收购的策略。MSI公司以2500万美元收购了化学信息学公司Synopsys Scientific Systems公司。在去年9月份，他们曾购买了Oxford Molecular Group公司的的生物信息学软件GCG及其相关技术。

在宣布这两项交易时，Pharmacopeia公司主席 Joseph Mollica特别强调说他们的这些收购主要是要为了开发一种整合的系统的药物开发工具。

此外，一些生物信息学和化学信息学人士已纷纷将目光聚集与对方的领域。

1999年8月生物信息学软件开发商NetGenics公司宣布它为Pfizer公司开发一种整合的药物开发平台。这个平台的开发现在已经完成，它应用了一个联合的数据库或可视化数据库，使用者可以进行交叉的数据查询，从化学库、SNP库和序列数据库中同步提取信息。这个数据库只是NetGenics公司对生物信息学和化学信息学进行整合的一部分。

Kodali说，大多数药物开发商都有自己的信息数据库，应用这一系统可以利用自己的，也可以利用他人的数据库进行研究。

NetGenics公司已经为此从 FamilyGenetix 公司购买了ChemSymphony和MetaSymphony两个化学程序。

生物学为化学信息学带来新的机遇

另一方面化学信息学公司，象由MSI公司两名前雇员在圣迭哥开办的SciTegic公司，已经开始了药物开发信息学平台的研究。

SciTegic公司大约有12名职员，由于公司太小很难得到生物信息学方面的合作伙伴。为了整合已经存在的信息平台，他们着手开发了自己的统一的信息平台。

SciTegic公司首席执行官Mathew Hahn说，他们认为现有的公司很难不受原有的系统的妨碍来开发新一代的系统。要求现有的公司低价出售原有的软件去开发新的软件是非常困难的。

SciTegic公司信息平台的程序设计可以从不同的数据库中提取信息，就象从一个有机整体中获取信息一样。这种方法比现有的所有生物信息学和化学信息学整合软件平台都要快捷。

Hahn说，MSI公司已经进行了4次合并，整合是一个非常痛苦的过程，并且非常的缓慢。这个领域的竞争非常的激烈，真正的胜出者将是那些能够快速消除生物信息学和化学信息学鸿沟的企业。

SciTegic公司在这方面还有很长的路要走。他们已经向Agouron Pharmaceuticals公司销售和安装了他们的信息软件，还为其它三家公司做了相应的软件，但是还没有宣布交易的事项。Hahn说，他们的软件目前仍主要属于化学信息学系统。

同时，Lion公司的von Bohlen说，他们和Tripos公司正在一起进行几项交易的谈判。和他们谈判的不仅有制药公司，还包括农业生物与生物技术公司。他们正在和很多公司进行讨论，其中的有些公司甚至还不知道这方面所隐藏的巨大潜力。（基因潮）