生物信息学公共资源之争：公共软件是否应该免费？

　　作者：Justin Hibbard  2002年2月25日

如果美国政府利用众多纳税人的资金建起了一条高速公路，却只允许最富裕的少数人通行－这会导致什么后果？越来越多的科研人员表示，有关部门正在以相似的手段对待公共投资开发的软件系统。毫无疑问，那些新建立的公司将会成为这种态度的直接受害者。

这一问题在生物信息学领域尤为引人注意。多数生物信息软件都是由美国科学基金会和美国国立卫生研究院（NIH）资助开发的，研究人员可利用它们进行包括基因测序在内的生物科学研究。目前人类基因组全序列已经测出，全球对基因组资料库的应用需求也在不断上升，据Frost & Sullivan公司预测，今年到2007年这段时间内，生物信息学程序软件在美国的销售额将会从3.9亿美元飙升至22亿美元。

这种“火箭速度”无疑会给市场带来大批的逐利公司和商业化的软件产品。此外，一些研究人员利用手头充裕的资金（官方每年补贴160亿美元的研究经费），已经开发出多种生物信息源代码作自己专门之用。尽管这些软件在开发过程中都注入了相当数量的公众资金，但高校机构却能以一些私人公司的身份申请这些源代码的版权，注册其运算专利，并获得独家性的知识产权。仅去年一年，美国高校的技术专利就给当局带来了高达50亿美元的税收。

但部分软件开发人员却站到了不同的阵地上。美国新墨西哥州Albuquerque市的独立咨询师Jason Stewart指出，“公众软件就像公众道路一样，应当为公众所有。”去年9月，Stewart和另外两位咨询师Harry Mangalam和Jiaye Zhou发布了一份网上诉请要求。迄今为止已有700多人签名对此表示支持。这份请愿书写得如同一篇公共软件运动宣言：“我们坚信，作为获得公众资助的一个必要条件，研究人员必须根据‘公共资源协议’或‘免费软件协议’的有关条款，公布他们研究得到的所有源代码。”

公共资源协议及免费软件协议允许任何人更改某一程序的源代码－后者是程序正常运行的“后台指挥官”。根据这一协议，人们可免费或付费重新分割一个程序，当他们将这种更改后的代码运用到另一种发行软件中时，就无需向原公司支付版税。

有些新公司根据专利许可协议发行一个新产品时，往往会利用公共程序来构建其中的次要区域。Iobion信息公司是一家成立刚一年的企业，总部位于加州的La Jolla，他们就是利用Apache Web服务器和PostgreSQL数据库这样的公共软件程序进行基因分析软件开发的。利用这些已经构建好的免费软件，该公司大大降低了开发成本，其软件价格当然也比竞争对手低得多。但是，一旦Iobion公司不能再找到可供利用的公共软件，它就必须向别人支付专利费用，才能继续进行软件构建工作－尽管官方资助的公司可能已在开发相似的程序。这使得Stewart为之大为不平。“一家公众投资建立的公司为什么既要缴纳相同的税额，又不能平等享受一些公共软件的使用权呢？”他质问道。

Stewart及诸多请愿者还指出，源代码对于相互检测过程而言是必不可少的。在生物学实验中，软件扮演着极其重要的角色，在证实某种假设时实验人员必须对这个软件的内在工作流程了然于胸。Mangalam认为，“将这些源代码公布为公共资源，可让别人清楚了解工作人员的言行是否一致。”

官方的资助机构通常不会透露，究竟在何种情况下他们才可发行软件。高校机构在申请源代码版权或公布这些代码方面享有极大的自由。每所高校的具体政策都不尽相同，但多数高校会在开展有关工作、使用校方资源、进行“赞助性”研究－其中包括官方资助的研究项目－时申请其员工开发的源代码版权。员工在工作期间必须签署一份声明，同意遵守校方的版权政策。

但根据公共资源协议，也有些高校必须公布其员工开发的源代码。加州大学伯克利分校就允许Steven Brenner公布1999年以后的所有开发成果－只要他的合作人员及资助单位不持异议，且公布行为不触犯法律条规。Steven Brenner是该校计算机基因组学研究组主任兼助理教授，目前正在寻求其他项目的研究，因为他所带领的研究小组想参与一些合作开发项目，如Bioperl工程－这项工程目前正在进行公共生物信息学代码开发。Brenner教授公布的一些程序都是在有关协议下公布的，这些协议要求获许可者在一个程序原有版本的协议下重新分割其修改版。“除非是根据同一协议公布修改代码，我们才可能既触及源代码，又对原有程序作出修改。” Brenner教授说。

这些手段可能有耍滑头之嫌，但它却没有违背1980年制定的Bayh-Dole法案，该法案允许高校机构对官方资助的研究成果进行专利注册－其中包括软件专利，且允许高校将该专利权独家赋予第三方。而有些公共资源协议和免费软件协议，如“GNU公共卫生协议”却禁止注册软件专利，这就与Bayh-Dole法案中规定的高校专利注册权发生了冲突。

一些评论家认为，Stewart的诉请要求目前还不可能得到实施。只要Bayh-Dole法案存在，资助方就不能要求被资助方随便公布研究所得的软件，因为这会与联邦法律发生冲突。但Stewart认为，这一要求并没有禁止高校进行软件专利申请。而Mangalam则表示，“软件当然应该是一种公共资源！”

由于Stewart的诉请要求仅限于软件范围，因而一些评论家对此持反对态度。“要求对软件进行特殊处理，这会使公众产生一种印象：软件不如其他的创新成果有价值。” 华盛顿大学基因科学教授Philip Green说。“在诉请要求上签名的人可能会认为软件应当免费，但不管怎么想，他们首先必须能对一些创新成果进行注册和分类。”

Stewart对这些反对意见表示欢迎，因为它们可使诉请要求变得更为合理。“如果我必须为这场请愿活动定下一个目标，那么我希望它能刺激官方资助机构，颁布一些有关公共软件处理的政策。” Stewart说，“我们现在收集到的信息和观点会对这些政策的制定助益良多。”（基因潮）