从旧数据中找到新物种

　　 

生物通报道：最近，研究人员在对一个旧的数据库进行筛选时发现了先前未知的细菌种。他们将这一发现公布在近日的Genome Biology杂志上。这一发现凸现了将大规模的基因组测序计划的未分析资料在网上公开的价值。

马里兰基因组研究所的Steven Salberg和同事从储存在Trace Archive中的果蝇基因组序列中确定出了三种新的共生细菌Wolbachia。Trace Archive是来自测序项目的未加工基因组信息的公共储存地。在一个生物的基因组被测序后，其内共生细菌的基因组也被合并到了这些数据中，因此“污染”了寄主生物的最终的基因组序列。因此，对未加工序列的筛选能够确定出先前未知的内共生菌。

Salberg和同事对新近测序的七种不同的果蝇的基因组序列进行了筛选，并将Wolbachia pipientis wMel的基因组作为一个探针。研究人员从D. ananassae（一个果蝇种）基因组找到了32720个能与wMel菌株相匹配的序列。分析结果产生出了含有11400650个碱基对的新基因组，研究人员将其确定为一种新的Wolbachia wAna。利用相同的技术，他们在D. simulans基因组中确定出了Wolbachia wSim、在D. mojavensis的基因组中确定出了Wolbachia wMoj。

这三种新基因组的发现表明将未加工的测序数据公开非常有价值。这些发现可能帮助人们了解内共生细菌的进化和这些生物用于改变寄主细胞周期的机制。