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最新蛋白数据库:帮助更快获得蛋白数据
【字体: 大 中 小 】 时间:2007年01月29日 来源:生物通
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来自纽约1月24日的消息,密歇根大学表示,将由密歇根国立整合生物医学信息学中心(National Center for Integrative Biomedical Informatics)构建一个蛋白质数据库,以便科学家们能从中找到需要的蛋白过程的数据。这一研究中心是NIH生物医学计算机Roadmap中心之一。
生物通报道:来自纽约1月24日的消息,密歇根大学表示,将由密歇根国立整合生物医学信息学中心(National Center for Integrative Biomedical Informatics)构建一个蛋白质数据库,以便科学家们能从中找到需要的蛋白过程的数据。这一研究中心是NIH生物医学计算机Roadmap中心之一。
密歇根大学表示,由蛋白相互作用信息库而来的“The Michigan Molecular Interactions index pulls data”可以帮助研究人员利用到“海量的数据”。目前MiMI已利用这些数据获得了一张蛋白相互作用的完整图。
密歇根大学的研究人员说,举例MiMI的功能,研究人员通过MiMI找到了双相抑郁症(bipolar depression)的遗传因素,而这种抑郁症和两个与细胞程序性死亡相关的基因有关,这种相关联也许就指出了一种新的治疗方法。
NCBI研究人员Brian Athey对MiMI评价道,“MiMI本身并不能用于解决医学难题,但是,科学家们可以通过这一数据快速的评价自己的假设,这样有助于更快获得医学研究突破。”
(生物通:张迪)
附:
密歇根大学华人科学家解析蛋白研究重大进展
翅膀,脊骨,刺状牙齿(spines, saber-like teeth)——自然和化石告诉我们结构在独立进化成不同的动物中的作用,但是这种所谓的适应性平行进化是否也在基因和蛋白水平出现呢?来自密歇根大学生态与进化生物学系的研究人员张建之Jianzhi (George) Zhang 等人就发现了这样一个例子:一种在以吃树叶为生的猴的动物身上帮助消化食物的酶的基因也是如此,这一研究成果公布在6月11日的Nature Genetics杂志上。
我们都知道鸟能飞,昆虫能飞,蝙蝠能飞,而这种能力都是通过独立平行进化而来,也就是说相互之间并没有进化的干扰,那么在蛋白(DNA)序列水平上,这种平行进化是否非常稀少呢?而这篇文章就告诉了我们一个这样的例子。
庞猴亚科Colobines(叶猴、金丝猴、乌叶猴等)与其它猴类不同在于饮食方面:相比较与水果和昆虫,它们吃叶子比较多,而叶子实际上是非常难消化的,因此这些猴类的消化系统进化得像牛的消化系统。在肠道中的细菌发酵这些叶子,然后吸收养分,而猴则接着消化这些细菌来得到这些养分:蛋白和RNA(草食动物获得氮元素很重要的一个途径)。
最终zhang等人将注意力集中到了一种胰核糖核酸酶:RNASE1身上,这种酶专门用于分解小肠中的RNA。普通灵长类动物的RNASE1酶有两个功能,一是消化食物中的RNA,另一个是分解双链RNA,这被认为是动物抵御双链RNA病毒的一种机制。而研究人员发现白臀叶猴(douc langur)在基因重复后,两条基因制造的RNASE1B和RNASE1各承担其中一项功能。
接着研究人员将这些序列测序,惊讶的发现出乎他们的意料,有三种RNASE1基因,这说明非洲猴,亚洲猴的这一基因的“副本”是独立分别计划而来的。这一研究为蛋白(DNA)进化提供了重要的一手资料,也为研究蛋白功能提供了重要信息。