新一代测序分析技术的改良

　　来自美国马里兰大学的生物信息学家目前正在利用源自赌博业的技术协助分析由新一代测序仪获得的数据。 这种方法依靠叫做GPUs（graphics processing units）的3D制图硬件来加速数据分析。马里兰的这个研究组相信，这项技术能够发现新一代测序和生物信息学界的一个落脚点。

　　

生物通报道：来自美国马里兰大学的生物信息学家目前正在利用源自赌博业的技术协助分析由新一代测序仪获得的数据。

 

这种方法依靠叫做GPUs（graphics processing units）的3D制图硬件来加速数据分析。马里兰的这个研究组相信，这项技术能够发现新一代测序和生物信息学界的一个落脚点。

 

该研究组的Cole Trapnell博士解释说，由于这种新方法使测序技术成本越来越便宜，他们将关注的焦点放在了加工获得的这些数据的计算机资源上，从而使整个测序分析过程的成本更低。目前获得的数据越来越多，必然需要一台超级计算机来处理数据。

 

在发表在12月的BMC Bioinformatics杂志上论文中，Trapnell和Michael Schatz讨论了一种MUMmer序列排列程序（MUMmer sequence-alignment，生物通注）的一个版本，该程序原本是用于运行nVidia公司的一种制图卡的。

 

作者报告说，这种叫做MUMmerGPU的程序能够在阅读长度变的较短时提高速度。例如，MUMmerGPU在阅读大约800各碱基对长度的时候，其速度是CPU版本的两倍，而在处理25个碱基对序列时的速度则是CPU版本的10倍多。

 

文章还指出，尽管这种加速只对非常短的数据明显，但是这些阅读特征正在支配基因组测序市场。

 

MUMmerGPU可以在一下地址下载：http://mummergpu.sourceforge.net/。这种计算机非常适合将大量数据与一个参考基因组进行对比分析。接下来，这个研究组打算将这种方法来再次分析短阅读数据。（生物通雪花）

 

相关新闻：最快的测序技术被权威研究机构认可

CuraGen公司的下属公司454生命科学公司（454 Life Science）近日在莱比锡宣布将与德国的著名研究机构Max Plank研究所合作进行人类进化学研究。它们将会测序完整的穴居人基因组。

穴居人是人类最近的亲戚，而且遗传成分的信息将会明显提高对人类生物学的了解。这项计划将会耗时两年，并且主要利用454 SequencingTM技术完成并且得到Max Plank学会的认可。

Max Plank研究所的人类进化学系Svante Paabo表示，Max在古DNA和穴居人上的专精与454新一代具有无可比拟的通量的先进测序技术的完美结合促成了这项合作。454 Sequencing使研究人员以之前无法想象的效率推进研究项目。

30000年前，穴居人居住在欧洲和近东地区，然后在它的接替者Homo sapiens（智人）迁居欧洲后灭绝。今年是在德国Neander峡谷发现首个穴居人化石第150年。Paabo博士首次在1997年测序了穴居人化石的DNA。

454公司的发言人表示，很高兴能与Max Plank研究所合作测序穴居人基因组。这项研究将会提供有关人类生物学更多的信息。当然，这项研究也进一步确认了454 Sequencing并证明这项技术能够测序任何基因组，即使是已经高度腐蚀的样本。