Nature Methods：一种快速而可靠的ChIP-seq方法

　　奥地利科学院的研究人员近日开发出一种新的ChIP-seq方案，将转座酶tagmentation和染色质免疫沉淀相结合，之后开展新一代测序，从而大大简化了ChIP-seq的流程。这个名为ChIPmentation的方法于8月17日在线发表于《Nature Methods》上。

　　

生物通报道 奥地利科学院的研究人员近日开发出一种新的ChIP-seq方案，将转座酶tagmentation和染色质免疫沉淀相结合，之后开展新一代测序，从而大大简化了ChIP-seq的流程。这个名为ChIPmentation的方法于8月17日在线发表于《Nature Methods》上。

转座酶tagmentation的方法最初由华盛顿大学、华大基因以及Epicentre公司的研究人员在《Genome Biology》中介绍。如今，Illumina的Nextera试剂盒也提供这种文库构建方法。它以转座酶为基础，同时完成DNA的片段化和接头的添加。

尽管这种方法已经被多个测序应用所采用，但它至今还未与ChIP-seq相融合。奥地利团队一直在寻找一种方法来改善ChIP-seq技术，这个繁琐而耗时的过程。因此，他们决定将tagmentation过程与ChIP-seq相结合。

在最初的实验中，他们首先开展标准的染色质免疫沉淀，并对纯化后的免疫沉淀DNA使用tagmentation文库制备。不过，他们发现，就多个样品和抗体而言，这种方法很难标准化。

之后，研究人员直接对免疫沉淀的染色质进行tagmentation。综合考虑五个指标，包括文库大小分布、读取定位等，这种方法在25倍的转座酶浓度差异下保持稳定。此外，它不导致测序接头二聚体形成，在文库扩增之前只需要一个DNA纯化步骤。

研究小组在五个不同的组蛋白标记和四个转录因子上验证了这种方法，发现在每种情况下，ChIPmentation图谱都是高质量的，与标准的ChIP-seq图谱有良好的相关性。而且，这种方法需要的起始材料较少。研究人员仅仅使用1万个细胞，就能获得组蛋白标记H3K4me3 和H3K27me3的准确图谱。

此外，研究人员还发现了tagmentation事件的间隔模式，这似乎与核小体周围DNA的包装相关。他们研究了核小体中心附近的模式，发现转座酶插入频率增加，这说明ChIPmentation的数据可能有助于推断转录因子足迹、核小体稳定性和核小体定位。

这篇文章的作者之一，奥地利科学院分子医学研究中心的André Rendeiro解释说，由于tagmentation在染色质上开展，而蛋白质仍然与DNA结合，这种方法解释了染色质的结构。研究小组正在努力开发计算方法，以便更好地了解这些模式的生物相关性。（生物通 薄荷）

原文检索

ChIPmentation: fast, robust, low-input ChIP-seq for histones and transcription factors

Nature Methods (2015) doi:10.1038/nmeth.3542