Nature Methods发布新RNA测序技术

　　Santa Cruz公司和Rochester大学的研究人员开发了一种新的RNA测序技术。他们通过这一技术发现了许多此前未被检测到的调控性小RNA。这一成果发表在八月三日的Nature Methods杂志上。

　　

生物通报道：Santa Cruz公司和Rochester大学的研究人员开发了一种新的RNA测序技术。他们通过这一技术发现了许多此前未被检测到的调控性小RNA。这一成果发表在八月三日的Nature Methods杂志上。

这个新技术可以在细胞中灵敏检测到带有化学修饰（甲基化）的小RNA。“tRNA是生物体内含量最丰富的小RNA之一，细胞里到处都是tRNA片段。但因为RNA修饰，标准的分析方法遗漏了许多tRNA，”文章的第一作者Aaron Cozen说。

这一方法为人们打开了RNA研究的一块新天地，“我们检测到的tRNA比过去多三倍，”文章的资深作者，Todd Lowe教授说。

早在数十年前人们就发现了tRNA，一直以来tRNA被认为主要在蛋白质翻译中起作用，与mRNA、rRNA合作根据DNA编码的遗传指令合成蛋白质。随着RNA干扰和microRNA调控机制的发现，科学家们开始重新认识RNA在基因调控和其他细胞功能中扮演的角色。近年来人们发现了越来越多不同种类的小RNA，并在不断探索它们的作用机制。（延伸阅读：Nature：深入第二套遗传密码）

“过去五年，我们已经意识到tRNA的功能不只是蛋白质翻译。被切割成片段的tRNA应该还在细胞中承担了其他的功能，”Lowe说。“举例来说，前不久有研究发现，一些tRNA片段能够抑制乳腺癌的发展。”

高通量测序技术可以用来检测和分析tRNA，但这种方法会受到RNA甲基化的影响，而甲基化在tRNA中是很普遍的。研究人员为此开发了一种酶学方法，可以在测序之前去除这些修饰。

为了得到更准确的信息，研究人员还开发了一个测序数据的分析工具，对tRNA的甲基化修饰进行鉴定和定位。他们用自己的方法在酵母中准确预测了一些已知的tRNA修饰。随后他们又将这一技术用于人类细胞，发现了大量此前未知的tRNA修饰。

“过去的研究显示，人类基因组中只有10%-15%的tRNA存在甲基化修饰。我们检测到的tRNA修饰要多得多，对相关研究是很有帮助的，”Lowe说。

 

生物通编辑：叶予

生物通推荐原文：ARM-seq: AlkB-facilitated RNA methylation sequencing reveals a complex landscape of modified tRNA fragments