CRISPR VS RNAi，基因筛选哪家强

　　基因筛选是经典的生物学研究方法，常用于鉴定在生物学过程中起作用的基因。十多年来RNAi一直是这一领域的王者，然而新兴技术的涌现（尤其是CRISPR技术）正在逐渐瓦解RNAi的统治地位。那么，在RNAi和CRISPR筛选之间我们究竟应该如何抉择呢？斯坦福大学的研究人员对这两种技术进行了全面比较，并将研究结果发表在五月九日的Nature Biotechnology杂志上。

　　

生物通报道：基因筛选是经典的生物学研究方法，常用于鉴定在生物学过程中起作用的基因。十多年来RNAi一直是这一领域的王者，然而新兴技术的涌现（尤其是CRISPR技术）正在逐渐瓦解RNAi的统治地位。那么，在RNAi和CRISPR筛选之间我们究竟应该如何抉择呢？斯坦福大学的研究人员对这两种技术进行了全面比较，并将研究结果发表在五月九日的Nature Biotechnology杂志上。

细菌一直在与病毒或入侵核酸进行斗争，为此它们演化出了多种防御机制，CRISPR/Cas适应性免疫系统就是其中之一。规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA的指引下，靶标并切割入侵者的遗传物质。这种特性使CRISPR系统成为了基因组编辑和基因功能研究的实用工具。举例来说，研究者们可以利用CRISPR/Cas9抑制指定目标的转录。

RNAi一般是向细胞引入siRNA或者shRNA，让细胞降解相应的mRNA，通过功能缺失表型来进行基因筛选。研究人员将RNAi和CRISPR/Cas9用于人类慢性粒细胞白血病细胞系K562，平行筛选影响细胞生长速度的必需基因。他们通过慢病毒将shRNA和sgRNA文库分别引入细胞，观察细胞呈现出的表型。研究显示，RNAi和CRISPR/Cas9的筛选精确性都很高。不过这两种技术筛选出来的基因并不相同，而且CRISPR鉴定出的必需基因更多。

文章指出，这两种筛选方法鉴定的生物学过程可能并不相同。将RNAi和CRISPR数据结合起来，可以更加全面地认识生长调控基因。研究者们也可以根据这两种技术的偏好做出正确的选择。

Molecular Cell杂志此前曾推出技术特刊，介绍了生物学领域近年来出现的新兴技术。其中一篇文章对RNAi、TALEN和CRISPR这三大基因组编辑工具的核心技术进行了全面比较，并且为基因功能研究提供了一份实用指南。研究者们可以根据自己的需要，简单直观的找到最适合自己的技术。（更多详细信息请参见：CRISPR、RNAi、TALEN一张图教你做出正确选择）

加州大学旧金山分校的研究团队通过建立超复杂混合shRNA文库，在很大程度上克服了RNAi用于全基因组筛选时的脱靶效应。他们通过系统改良进一步增强了shRNA的活性，向人们展示了靶标人类和小鼠基因组的新一代shRNA文库。这一成果发表在美国国家科学院院刊PNAS杂志上。 研究表明，新一代RNAi文库在测试中的表现与CRISPRi旗鼓相当。（更多信息请参见：与CRISPR旗鼓相当的新一代RNAi）

哈佛医学院的一个研究小组在《Science Signaling》上发表一种药物靶点筛查的新方法，结合基因组编辑技术CRISPR以及基因沉默技术RNAi，鉴定出对肿瘤细胞生长很重要的三个基因。（更多信息请参见：Science子刊：利用CRISPR和RNAi筛查药物靶点）

生物通编辑：叶予

生物通推荐原文：Systematic comparison of CRISPR/Cas9 and RNAi screens for essential genes