Genome Biology：为CRISPR选择最佳向导

　　CRISPR/Cas9基因组编辑的成功取决于向导RNA序列的选择。正因如此，预测向导RNA脱靶和打靶情况的计算工具很受欢迎。法国INSERM和美国加州大学的研究人员首次对一些常用算法进行了独立评估，并在此基础上打造了选择向导RNA的网页工具CRISPOR。这项研究于七月五日发表在Genome Biology杂志上。

　　

生物通报道：细菌一直在与病毒或入侵核酸进行斗争，为此它们演化出了多种防御机制，CRISPR-Cas9适应性免疫系统就是其中之一。规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA的指引下，靶标并切割入侵者的遗传物质。2012年研究者们利用这一特点，将CRISPR系统发展成了强大的基因组编辑工具。该系统使用简单而且扩展性强，很快便成为了生物学领域的香饽饽。

CRISPR/Cas9基因组编辑的成功取决于向导RNA序列的选择。正因如此，预测向导RNA脱靶和打靶情况的计算工具很受欢迎。不过，人们还不清楚这些算法的准确程度。法国INSERM和美国加州大学的研究人员首次对一些常用算法进行了独立评估，并在此基础上打造了选择向导RNA的网页工具CRISPOR。这项研究于七月五日发表在Genome Biology杂志上。

研究人员收集了八项SpCas9脱靶研究的数据，将其与预测位点进行比较。研究显示，基于序列的脱靶预测是比较可靠的，能发现绝大多数脱靶事件。研究人员还评估了常用算法作出的打靶（on-target）预测。他们发现，打靶预测是否准确取决于向导RNA是不是由U6启动子表达或者在体外转录。研究人员将自己的数据整合在网页工具CRISPOR中。CRISPOR可以帮助研究者为120个基因组选择向导RNA，包括植物和许多新型模式生物。

目前，能够有效设计sgRNA的生物信息学工具并不多。为此，华盛顿大学的王小伟（Xiaowei Wang）博士领导研究团队揭示了功能性sgRNA的特点。他们对CRISPR RNA-seq数据进行分析，鉴定了许多代表高效sgRNA的新特征。研究人员此基础上开发的生物信息学工具，可以帮助研究者们设计更加有效的sgRNA。（更多详细信息参见：华人学者推出CRISPR新设计工具）

用CRISPR/Cas9进行遗传筛选是对基因组进行功能分析的有力方法。德国癌症研究中心DKFZ的研究团队经过深入研究，成功开发了一个设计自定义sgRNA文库的整合性生物信息学工具，CLD（CRISPR library designer）。这项研究发表在前不久的Genome Biology杂志上。（更多详细信息参见：CRISPR新工具助力sgRNA文库设计）

纪念斯隆-凯特琳癌症中心的研究团队开发了一种简单又便宜的文库制备方法，可以快速有效的将配对gRNA克隆到表达载体上，用于体内和体外的功能筛选。这一成果于去年八月发表在Nature Communications杂志上，文章的通讯作者是纪念斯隆-凯特琳癌症中心的Andrea Ventura。（更多详细信息参见：Nature子刊发表CRISPR新成果：一步法制备新型gRNA文库）

生物通编辑：叶予

生物通推荐原文：Evaluation of off-target and on-target scoring algorithms and integration into the guide RNA selection tool CRISPOR