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一个新软件让CRISPR方法更加容易
【字体: 大 中 小 】 时间:2017年01月04日 来源:生物通
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最近,瑞典卡罗林斯卡学院和哥德堡大学的科学家,研发出了一个基于网络的软件——Green Listed,可以方便CRISPR方法的使用。该软件发表在《Bioinformatics》,可以通过greenlisted.cmm.ki.se网站免费获取。
生物通报道:最近,瑞典卡罗林斯卡学院和哥德堡大学的科学家,研发出了一个基于网络的软件——Green Listed,可以方便CRISPR方法的使用。该软件发表在《Bioinformatics》,可以通过greenlisted.cmm.ki.se网站免费获取。延伸阅读:Cell最新公布CRISPR技术新发现:更多的Anti-CRISPR蛋白;张锋2017年开年综述:CRISPR-Cas系统——细胞的生死抉择。
细胞是非常小的,并构成了一个生物体。人类身体中的细胞数量,大约相当于地球上人类数量的100倍。在绝大多数的这些细胞中是DNA长链。这些DNA链使得不同类型细胞的外观和行为产生了差异。CRISPR可以用来快速研究“DNA的不同部分对细胞有何直接影响”。使用这种方法,研究人员可以了解疾病的原因,并给出如何治疗的建议。
卡罗林斯卡学院医学系分子医学中心(CMM)的Fredrik Wermeling说:“我们使用CRISPR方法来研究免疫细胞和癌细胞。目的是为免疫系统相关疾病的患者,开发新的治疗方法,如关节炎、以及癌症。”
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Green Listed简化了CRISPR方法
CRISPR方法是基于天然存在于许多细菌的一个系统,该方法在最近几年已经引起了广泛的关注。使用CRISPR的一种非常行之有效的方法是,同时、平行地研究DNA的不同部分,称为CRISPR筛选。”“Green Listed”被专门用来促进这种类型的大规模研究。
Fredrik Wermeling说:“在我们的研究中,通过使用CRISPR方法,我们现在可以解释多年来试图弄清的现象。这主要是与CRISPR筛选实验有关,在这些实验中我们对分离细胞中大量选定的DNA部分进行并行的修饰。Green Listed软件大大简化了这一过程,对于我们的研究进展是非常重要的。”
DNA就像一本食谱
DNA是研究人员经常使用的一个抽象概念。Fredrik提出了一种方法来思考DNA,即,它类似于细胞内携带的一份食谱。
Fredrik总结说:“之所以说组成个体的细胞是不同的,是因为,它们以不同的方式使用不同的食谱。在一定程度上很多疾病可以通过‘患者的DNA中存在变化’来解释。与食谱一致的是,这可以被视为食谱中的一个或多个成分发生了改变。我们很容易想象,如果你改变食谱中的一种成分,最终产品是完全不同的,例如,从一汤匙糖到一汤匙的盐的变化。用CRISPR方法,我们可以快速地在单个分离的细胞中做出这种变化,从而了解我们所研究的疾病。”
(生物通:王英)
生物通推荐原文:
Sudeepta Kumar Panda, Sanjay V. Boddul, Guillermina Yanek Jiménez-Andrade, Long Jiang, Zsolt Kasza, Luciano Fernandez-Ricaud, Fredrik Wermeling, "Green Listed – A CRISPR Screen Tool," OUP accepted manuscript, Bioinformatics (2016). DOI: 10.1093/bioinformatics/btw739
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