Nature技术人物：热爱森林和音乐的基因技术研究员

　　基因组就像是“我们大家统一的课题”，来自瑞士洛桑联邦理工大学的生物系统工程师Deplancke基因组的功能和进化。Deplancke实验室主要的研究方向就是基因组和表型变异项目，以及代谢和衰老的调控研究。

　　生物通报道：基因组就像是“我们大家统一的课题”，来自瑞士洛桑联邦理工大学的生物系统工程师Deplancke基因组的功能和进化。Deplancke实验室主要的研究方向就是基因组和表型变异项目，以及代谢和衰老的调控研究。

Deplancke是在比利时根特大学获得了生物工程硕士学位，并在伊利诺伊大学香槟分校攻读了博士学位。之后他成为癌症研究所和麻省大学医学院的博士后研究员，2007年加入EPFL，自2014年以来一直担任系统生物学和遗传学实验室的副教授，他与其他研究人员共同创立了（JEDI）。

最近Deplancke研究组开发出了一种革新性测序技术，能更快，更准确，更高效的分析DNA结合蛋白。

分析转录因子是一项艰巨而异常复杂的任务。一些数据库列出了DNA结合性质，但总的来说，它们只涵盖约500个单一的转录因子，并且只有一部分异二聚体，估计其范围在3000和25,000之间。这一研究领域进展缓慢，数据库中可用的内容也仅仅在预测转录因子靶标方面具有医学定量价值。

他们研究组研发了一种基于微流体的技术：SMiLE-seq，可以极大地加速这一研究进程，并用最少的需要材料更精确高效的进行分析，而且也可以延伸到其它分子研究中，比如分析蛋白-RNA相互作用。在这篇文章中，研究人员已经使用该技术来确定了超过60种转录因子的DNA结合特性，包括九个新的转录因子。

新技术SMiLE-seq可以极大地加速该过程，而且只需要很少量的转录因子。这一技术通过在微流体装置中加入少量的转录因子（研究异二聚体时加入多个因子），一旦转录因子接触到微流体芯片的表面，就会有大量随机DNA文库被泵入芯片中，从而转录因子能识别其相应的DNA序列。此后在滴下微流体控制按钮，就能物理地捕获转录因子-DNA复合物，不结合的DNA被洗掉。

SMiLE-seq技术有三个主要优点：第一，它减少了这种类型实验所需转录因子的量，仅仅需要皮克级材料。第二，它大大加快了进程，从几天缩短到不用一个小时。最后，SMiLE-seq不受DNA靶序列长度的限制，也不会偏向于更强的亲和蛋白-DNA相互作用。这一研究团队利用SMiLE-seq分析了67个全长的人，小鼠和果蝇的转录因子，成功分析了以前从未研究过的几个转录因子。

对于Deplancke来说，这一技术的灵感来自于在森林中奔跑之后的热水澡，他说：“一年四季轮回中森林发生了许多变化，我在跑步的时候，感觉就像是在精美的山水画中奔跑”。Deplancke也很喜欢听有声读物，通常是一些非小说读物，如，还有的音乐爱好者，“我喜欢在离开我的音乐工作室之后，用钢琴和电脑软件创造音乐，”这些曲调并不一定是为了成曲，而是他想知道当人们随着自己的音乐唱歌或跳舞的时候，会有什么感觉。

（生物通：万纹）

原文标题：

The Author File: Bart Deplancke

Nature Methods 14, 211 (2017) doi:10.1038/nmeth.4188