-
生物通官微
陪你抓住生命科技
跳动的脉搏
突破性进展!Hi-C建库突破1千个细胞水平!
【字体: 大 中 小 】 时间:2019年12月03日 来源:安诺优达
编辑推荐:
2019年以来,安诺三维基因组学研发团队披荆斩棘、坚持不懈,用半年的时间攻克了千个细胞Hi-C建库大关,实现了降低Hi-C建库起始量的三次飞跃,成功将Hi-C建库起始量由500万个细胞逐渐降低至1千个细胞,率先实现了微量细胞样本Hi-C建库的产业化服务。
降低建库起始量一直都是安诺Hi-C产品的研发重点之一,2019年以来,安诺三维基因组学研发团队披荆斩棘、坚持不懈,用半年的时间攻克了千个细胞Hi-C建库大关,实现了降低Hi-C建库起始量的三次飞跃,成功将Hi-C建库起始量由500万个细胞逐渐降低至1千个细胞,率先实现了微量细胞样本Hi-C建库的产业化服务。
样本要求
样本类型:细胞(人、鼠或其他物种)
建库起始量:1千个交联细胞样本/文库
测序平台:Illumina HiSeq X Ten,PE150
文库质控
对10多例人和小鼠的细胞样本进行了稳定性测试,评估结果显示,人细胞样本的文库Interaction Rate均在85%以上,小鼠细胞样本的文库Interaction Rate均在80%以上,部分样本文库质控结果如下(小数据测试结果)。
人细胞样本Hi-C文库质控结果:
小鼠细胞样本Hi-C文库质控结果:
cis/trans interaction比例统计
判断Hi-C的文库是否合格的一个重要的指标是cis/trans的比值,cis指的是paired reads在同一条染色体上(intra-chromosomal interactions),trans指的是paired reads在不同染色体上(inter-chromosomal interactions)。一般认为cis interaction比例越高,表明该数据的质量越好。我们的统计结果显示,测试样本cis rate均在60%以上,数据质量良好。
交互热图结果展示
对测试样本的小数据结果进行交互热图分析,如下图所示,展示了小鼠样本(Sample3)genome-wide Hi-C交互热图。
1千个细胞Hi-C建库的成功研发,再次拓展了Hi-C技术的应用范围,使珍稀样本的染色质构象解析成为可能,特别是生殖和肿瘤等研究领域的微量样本。安诺Hi-C团队真诚期待,我们的技术提升能为更多科研工作者在攻克生命科学领域的未解难题时,提供更可靠的技术支持和更发散的研究思路。
关于安诺优达
安诺优达作为业内三维基因组测序技术的服务提供商,自2015年初,首次在国内推出动物群体Hi-C和单细胞Hi-C测序服务,随后将人类染色体三维构象解析的分辨率提升至1 kb水平,同年12月在国内首次推出植物Hi-C测序服务,2019年,成功降低细胞样本建库起始量至一千个细胞水平,为珍稀样本的三维基因组学研究提供技术保障。四年来,安诺Hi-C技术不断发展,众多研究者利用安诺Hi-C技术取得了丰硕的成果。至此,安诺优达与法国居里研究所、武汉大学、中国农业大学、华中农业大学、中科院动物所、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作,相关研究成果已发表在Nature、Cell、Genome Biology、NaturePlants、Nature Communications等国际高水平期刊,累计IF 200+,平均IF 13+。