单细胞转录组分析可以这样用！

　　目前有较多的单细胞测序方法可以选择。那么，如果进行细胞测序分析，您会选择哪种技术？

　　

众所周知，群体测序可能会掩盖稀有细胞类型等重要生物学现象，因此越来越多的研究人员转向单细胞测序，以更好地了解单个细胞如何在整个复杂生物学系统中起作用。

目前有较多的单细胞测序方法可以选择。那么，如果进行细胞测序分析，您会选择哪种技术？

比如备受信赖的Takara的SMART-Seq技术，以修饰的Oligo d(T)引物起始，能够覆盖全长的转录本，检测灵敏度高，从而可用于在单细胞水平上进行差异表达、融合基因、可变剪接等研究。

再比如高通量Droplet（液滴微流控）技术，因为可以实现在短时间内分析更多数量的单细胞而颇受欢迎。但研究人员也发现，仅使用一种单细胞测序方法不足以展现丰富的单细胞数据。

所以，选择哪种方法进行单细胞转录组分析更好呢？

scRNA-seq分析的新时代，不是二选一，而是二合一！

嗯……小孩子才做选择，小编推荐两种方法全都要！有效利用两种不同技术的优势，双管齐下更加全面地进行单细胞转录组研究！

为什么这么讲，请看这个例子

↓

最近加利福尼亚理工学院和艾伦脑科学研究所的研究人员^【1】，对来自BICCN（BRAIN Initiative Cell Census Network）的已有的小鼠初级运动皮层(MOp)样本的scRNA-Seq数据进行分析。他们分析了6,160个细胞（筛选后）的全长SMART Seq v4（SMART Seq）数据和90,031个细胞（筛选后）的基于Droplet技术的A方法的数据。两种方法都可以鉴定出多种细胞类型。进一步分析发现，使用基于Droplet技术的A方法能够检测的细胞数量较多，因此可以识别少数稀有细胞群体。 而SMART-Seq技术通量虽相较于Droplet低，但灵敏度更高。通过检测全长转录组信息，可以对异构体进行定量，也使得细胞类型精细分类成为可能。（详细内容请参见论文中的Figure1: a和Extended Data Figure2: b, c)。

1. Booeshaghi, A. S. et al. Isoform cell type specificity in the mouse primary motor cortex. bioRxiv 2020.03.05.977991 (2020).

这也说明，这两种技术的关系更是协作者，而非竞争者，可以首先利用Droplet RNA-seq方法来鉴定细胞类型，然后由SMART-Seq 方法对细胞群进行更深度的鉴定，进行异构体分析，SNP检测等，即同时使用SMART-seq技术与Droplet NGS技术可以构建一种更加完善的单细胞测序方式！

SMART-Seq技术的元气担当 - SMART-Seq Single Cell Kit ！

读到这里，您可能要说，这，这是要恰饭了，嗯……铺垫了这么多，小编诚恳地承认要开始恰饭了，给您介绍一下它 → SMART-Seq Single Cell Kit。

它有什么过人之处，一段rap来表述

▪ 基于SMART-Seq技术，
▪ 单细胞全转录组研究的用处，
▪ 和低质量的cDNA制备说不，
▪ 即使RNA含量非常低的细胞也能“守护”
▪ 差异表达，融合基因，异构体分析统统“收复”，
▪ 让您的实验不辜负！

当然，为了恰的理直气壮，恰的问心无愧， 直接上客户案例

东京大学新领域创成科学研究科的关先生团队使用SMART-Seq® Single Cell Kit进行细胞块的RNA-Seq研究。本次实验，首先将直径约为150-200μm的小细胞块（小鼠肾脏和肝脏）分选到384孔板中并进行裂解。之后将其中一部分转移到96孔板中，在自动化移液系统dragonfly discovery（SPT Labtech）上运行SMART-Seq® Single Cell Kit（1/4体积用量）制备cDNA，再使用Nextera XT DNA制备测序文库，并在NovaSeq 6000（Illumina）上进行测序分析。

	肝脏	肾脏
平均reads数	2,349,517	2,939,182
平均genes检出数	10,799	12,711

对其中1个lane中的192个样品进行测序分析发现，样本的检测基因数在11,000-14,000个之间，且能获得超过250万个reads。说明使用SMART-Seq Single Cell Kit能检测到较多的基因。

不同组织来源的样本之间的R²值为0.5或更低（数据未显示），而来自同一种组织的样本相比，R²值为0.9或更高。因此使用SMART-Seq Single Cell Kit可以获得高再现性的数据。

以上都表明，经过优化和验证且根据严格的质量标准生产的SMART-Seq Single Cell Kit，在单细胞分析时都有非常高的灵敏度，非常高的产量！

最后想再次说明，SMART-Seq Single Cell Kit技术和Droplet可以搭配使用，打出漂亮的单细胞分析的组合拳，帮您在单细胞测序分析道路上提供新思路！

更多详情，请点击Takara中国官网。