PacBio推出新冠全基因组测序方案，无惧新冠病毒的各类变异

　　HiFiViral解决方案有助于加快对变异毒株Omicron的了解，提供对公共卫生响应非常重要的信息。

　　

PacBio于2021年11月正式推出了用于新冠病毒全基因组测序的HiFiViral SARS-CoV-2解决方案，恰逢新型变异毒株Omicron出现，这一方案的新型全基因组捕获手段也受到了各国的密切关注。12月28日，PacBio宣布其HiFiViral SARS-CoV-2的解决方案已对新型变异毒株Omicron进行了成功捕获，并完成了Omicron全基因组测序。这一方案也成为了全球的研究人员了解Omicron完整基因组序列信息的优质工具，避免了因新冠病毒基因组发生突变而导致无法进行测序获得全基因组序列的问题。

PacBio 首席执行官兼总裁Christian Henry表示：“仅仅是对变异毒株Omicron的检测，并不能全面了解它对公共健康的影响。唯有对Omicron进行全基因组测序，全面分析其相关突变，才能助于全球公共卫生系统更好地了解Omicron与其他突变株的相似程度，以及其对传播性、传播途径、是否突破疫苗的影响，同时进一步了解其可能发生的其他基因组变化。”

PacBio的HiFiViral方案采用了分子倒置探针（Molecular Inversion Probes，MIP）的设计。这是一种全新的病毒富集捕获方法，瓦片状的探针，可以在整个SARS-CoV-2基因组范围内提供足够的深度、冗余的覆盖，以便对所有现有的变体和可能出现的新变体进行稳健的检测。相比现有的基于PCR扩增子的方法，无论是利用短读长还是其他长读长技术，都有可能受到新变异的影响，导致基因组序列出现Gap，因此需要定期更新，并重新验证以跟上不断变化的病毒。

一些用户已经验证了PacBio HiFiViral SARS-CoV-2试剂盒的有效性，并确认其在对应Omicron毒株上表现良好。本周，南非Inqaba Biotec机构的科学家成功对35个Omicron样品进行了测序，其中 29 个样品的病毒基因组覆盖度超过了95% 。这些结果与 HiFiViral SARS-CoV-2 试剂盒对Delta毒株和其他变异毒株的性能一致。最值得注意的是，在富含突变的Spike蛋白基因的区域，没有出现系统性Gap。这证实了前期对这一试剂盒捕获效果的理论预测，HiFiViral SARS-CoV-2 试剂盒独特、密集的瓦片状探针设计对各类不同的新冠病毒变异类型都能进行非常稳健的捕获，提供覆盖全基因组的测序。

“我们能够在我们的实验室中成功对Omicron进行测序，并获得完全覆盖整个基因组的可靠数据，甚至是包含多个突变的Spike蛋白基因的区域，也依然能获得准确的序列。以这种级别的分辨率，可以全面了解变异毒株Omicron的相关变异，这对全面研究变异带来的相关影响极其重要。“Inqaba Biotec 的生物信息学经理Hamilton Ganesan博士说道：“HiFiViral的工作流程也非常简单，这使我们能够以快速有效的方式处理、分析和转换相应结果，这在基于PCR扩增子的方法中是难以做到的。”

对于全球各国致力于研究和了解新冠病毒变异毒株的科学家们来说，HiFiViral测序方案将会是一个强大的工具。除了为研究人员提供更好的数据，这一方案的工作流程也更为简单，减少了实验操作的时间、相应的消耗品以及人工劳动力。这也为解决疫情时代的实验室供应链瓶颈提供了帮助。

Christian Henry表示：“HiFiViral试剂盒可在全球范围内使用，代表我们在帮助实验室对抗COVID-19大流行方面迈出了重要一步。我们相信这对于未来研究新型变异毒株的实验室至关重要。”