COVID-19将给测序市场带来哪些变化？

　　在过去几年，随着测序仪变得更小巧、更便宜、更易用，测序的分布也变得更加广泛，这已成为一种趋势。Hampton称，这种趋势在疫情期间逐渐扩大。

　　

在抗击新冠肺炎（COVID-19）的过程中，各国科学家都对大量病毒样本进行测序，以了解病毒变种的出现情况。美国拥有大量的测序仪器和专家，照理说应该完成了大量样本的测序，然而根据全球共享流感数据库（GISAID）中的数据，美国至少落后于30个国家。不过，Bio-IT World网站近日分析了疫情后的测序趋势变化。

赛默飞世尔科技既提供新一代测序技术平台，又提供经FDA授权的SARS-CoV-2诊断检测。通过这个有利的角度，该公司看到了疫情中一些病毒检测的状况。赛默飞临床测序与肿瘤学总裁Garret Hampton分析了测序滞后的一些原因。

他表示：“我认为部分原因确实在于协调，我们有很多个州，如何通过CDC等来协调各州和公共卫生实验室的测序。与欧洲的一些国家相比，我们在项目启动上进展非常缓慢。不过，现在已经发生了很大变化。”

Hampton认为，测序实验室如今正变得多样化。美国老牌的诊断实验室Labcorp和Quest已是新一代测序技术的老用户，它们拥有共享和上传数据的基础架构。但对于较小的实验室来说，这是一个全新领域。对病毒基因组进行测序，然后安全地存储和共享数据，并不是一件容易的事。

在过去几年，随着测序仪变得更小巧、更便宜、更简单易用，测序的分布也变得更加广泛，这已成为一种趋势。Hampton称，这种趋势在疫情期间逐渐扩大。“如今我们会看到各种背景下的测序。”

2019年11月，赛默飞推出了Ion Torrent Genexus测序系统。这是一套完全整合的高通量测序平台，可在一天之内完成从样本到报告的全流程，手动操作时间仅需10分钟。赛默飞表示，该系统仅需少量样本，可节约成本处理小批量样本，并可在一天内提供全面报告。

Hampton表示，Genexus平台的最初目标用户是肿瘤实验室，因为医生希望尽快对癌症患者进行测序。目前，一些肿瘤实验室正转向SARS-CoV-2的基因组测序。他们并没有放弃肿瘤学研究，但由于疫情压力较大，这些测序平台被投入到新的应用中。

其他的Genexus用户则是全新的客户，他们利用疫情以及与之相关的资金启动了测序项目。“在疫情期间，一旦我们发现了变异株，就有许多新客户开始对Genexus平台感兴趣。他们希望快速鉴定出病毒株，以便向公共卫生部门发出警报。”

Hampton预测，随着疫情需求的变化，测序的数量和强度将下降。在测序量下降后，将会处于一种类似于集中检测流感的状况。“COVID-19始终在这里，但会随着时间的推移而发生变化，比如受到疫苗接种频率的影响。不过，始终有基本需求，”他说。

同时，一些之前未开展过测序的实验室将涌现出新的测序仪和新的测序专家。“如果对每个核苷酸进行测序，您将获得对生物学的深刻见解。病毒通过刺突蛋白进入人体细胞。我们发现，对于一些更具传染性的毒株，刺突蛋白与人体细胞结合得更紧密。了解病毒的生物学以及病毒与人体的相互作用非常重要，”Hampton说。

Hampton还提到了新的诊断趋势。他说，客户现在需要泛呼吸系统的检测组合，以便区分甲型流感、乙型流感、COVID-19、呼吸道合胞病毒及其他与呼吸系统疾病相关的病毒。

“现在，我们的武器库中有了一种新武器，这样在类似疾病出现时，我们将迅速进行测序，因为各种不同类型的实验室都有了装备。在疫情暴发时，我们很快就能认识到我们需要对付的是谁，”他说。Hampton相信这将为公共卫生带来好处。“如今我们在监控和了解病毒感染的方式上又上了一个台阶。我认为这是一个巨大的成果！”（生物通 薄荷）