预测与癌症相关的调节基因变异的分子功能

　　一篇题为“预测与癌症相关的调节基因变异的分子功能”的新社论发表在Oncotarget上。

　　

一些遗传的人类基因变异可以促成重要的表型多样性，例如个体对发展某些健康状况的不同程度的易感性以及个体对治疗干预的反应。迄今为止，通过大规模全基因组关联研究(GWAS)发现了超过49万个基因型-表型关联;然而，大多数这些发现的GWAS变体的分子功能仍然未知。

在他们最近的社论中，来自伊利诺伊大学香槟分校的研究人员Jun S. Song和Mohith Manjunath讨论了使用表达数量性状位点进行遗传分析的计算方法，预测调控遗传功能的框架，在癌症发生和进展中涉及的转录因子的应用，以及他们的方法在癌症研究和精准医学中的未来意义。

“有几个技术上的挑战阻碍了我们的理解，”研究人员在他们的论点开头写道。

首先，一个典型遗传变异的效应大小——用病例与对照人群中基因型发生的优势比来衡量——非常小，这表明由每个变异调节的宏观系统水平的表型差异也可能很小，难以检测。其次，大多数报道的变异存在于人类基因组的非蛋白质编码区，表明它们可能影响一些未知靶基因表达的调控。最后，发现的变异本身可能没有功能，而可能仅仅是与其他功能变异的遗传连锁不平衡。

研究人员认为:“解决这些挑战的一个有希望的方法是整合基因组学、表观基因组学、转录组学和机器学习方法，以识别功能性遗传变异，并表征它们在调节靶基因中的作用模式。”