新“RNA-seq”保持数据的完整性的同时更有效的提取

　　科学家们开发了一种新的RNA-seq和代谢组学分析提取方案，提供了比任何一种技术本身更完整的细胞活动图像。该方案采用单一样品的流线型提取，减少了变异，提高了效率，保持了数据的保真度，并最大限度地利用了宝贵的生物标本。

　　

到目前为止，科学家们不得不使用两种样品提取——一种用于RNA测序，另一种用于代谢组学。这种方法需要将多个样本或单个样本分成子样本，这会增加变异，并对数据解释产生未知的影响。目前的工作流程也使多组学方法具有挑战性，特别是在罕见的样本类型中;提取过程破坏了样品，妨碍了进一步的分析。

Van Andel研究所的科学家们开发了一种新的RNA-seq和代谢组学分析提取方案，提供了比任何一种技术本身更完整的细胞活动图像。该方案采用单一样品的流线型提取，减少了变异，提高了效率，保持了数据的保真度，并最大限度地利用了宝贵的生物标本。

为了验证该方案，研究小组将标准提取的结果与新方法的结果进行了比较。研究结果清楚地表明，新方案在节省时间和资源的同时保持了数据质量。

这项新协议发表在《RNA Biology》杂志上。它是由VAI核心技术和服务部门以及新陈代谢和营养规划部门的科学家开发的。核心技术和服务为研究所的科学家和合作者提供最先进的技术和专业知识。

VAI质谱中心主任Ryan Sheldon博士说:“我们的新技术使研究人员能够以独特的方式研究代谢表型，同时从单个样本中获得最多的信息。最重要的是，使用我们新的、更有效的协议不会造成信息丢失。我们的新策略为未来整合其他组学方法提供了重要的概念验证，目标是为RNA-seq、代谢组学、蛋白质组学、转录组学等创建一个单一的提取管道。如果没有VAI卓越的核心技术和服务团队，以及研究所对合作和严谨科学的承诺，这项工作是不可能完成的。”

Zachary B Madaj, Michael S. Dahabieh, Vijayvardhan Kamalumpundi, Brejnev Muhire, J. Pettinga, Rebecca A. Siwicki, Abigail E. Ellis, Christine Isaguirre, Martha L. Escobar Galvis, Lisa DeCamp, Russell G. Jones, Scott A. Givan, Marie Adams, Ryan D. Sheldon. Prior metabolite extraction fully preserves RNAseq quality and enables integrative multi-‘omics analysis of the liver metabolic response to viral infection. RNA Biology, 2023; 20 (1): 186