如何通过分析基因组序列来估计病毒传播的速度

　　评估病毒在宿主人群中传播和传播的速度对于减轻疾病暴发至关重要。12月3日，比利时布鲁塞尔大学（ULB）的Simon Dellicour及其同事在《公共科学图书馆·生物学》杂志上发表了一项研究，该研究评估了病毒在受感染人群中如何跨越空间和时间传播的统计性能。

　　

评估病毒在宿主人群中传播和传播的速度对于减轻疾病暴发至关重要。12月3日，比利时布鲁塞尔大学（ULB）的Simon Dellicour及其同事在《公共科学图书馆·生物学》上发表了一项研究，该研究评估了病毒在受感染人群中如何跨越空间和时间传播的统计性能。

基因组测序使流行病学家能够检查致病暴发的进化历史，并跟踪暴发的空间运动。然而，基因组序列的采样强度可能会影响通过这些进化方法获得的传播见解的准确性。为了评估采样大小的影响，研究人员模拟了几种病原体的传播，以评估从病毒基因组分析中估计的三种传播指标：谱系传播速度（谱系传播的速度），扩散系数（谱系入侵空间的速度）和距离隔离信号（种群的基因组序列在地理距离上变得不那么相似）度量。

研究人员发现，扩散系数和距离隔离信号指标受样本量/强度的影响最小。在使用这些指标来比较各种病毒在动物种群中的传播模式和能力之后，他们还发现，病毒传播的速度和距离在多大程度上反映了受感染宿主动物的传播能力，但也可能受到人类干预的影响，例如动物交易。这项研究确实有局限性；例如，由于时间和资源的限制，模拟框架没有涉及实际基因组序列的生成。

根据作者的说法，“总的来说，我们的研究为未来研究中使用谱系传播指标提供了关键建议，并说明了它们在不同环境中比较病毒传播的应用。”

作者补充说：“在这项研究中，我们评估了从进化树中估计的各种指标的性能，以量化病毒在野外的传播能力。然后，我们使用最高效的指标来比较各种病毒在动物种群中传播的传播模式，这揭示了广泛的传播速度，主要反映了主要受感染宿主物种的传播能力，但在某些情况下，也可能是由人类介导的运动驱动的快速和/或长距离传播事件的特征。”