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为探究 Jakun 部落遗传结构和人口历史，研究人员对 Jakun 女性进行全基因组测序。结果发现其基因组与柬埔寨、新加坡马来人相近，还确定了相关基因变异。这为疾病研究和了解东南亚人类迁徙提供依据。
在东南亚的马来西亚半岛，生活着一群神秘的原住民 ——“Orang Asli”，其中 Jakun 部落作为 Proto - Malay 的一个分支，有着独特的历史和文化。然而，长期以来，他们的遗传结构和人口历史却如同迷雾，一直未被清晰地揭示出来。此前，针对该部落的遗传研究十分有限，大多集中在基因分型、特定基因的多态性分析或线粒体 DNA 分析等方面，缺乏全面深入的全基因组研究。随着科技的发展，全基因组测序（WGS）技术逐渐成熟，成本也日益降低，为深入探究 Jakun 部落的遗传信息提供了有力的工具。在此背景下，UCSI 大学等机构的研究人员开展了一项具有重要意义的研究，相关成果发表在《Human Genome Variation》杂志上。
研究人员为了揭开 Jakun 部落遗传结构的神秘面纱，对一名来自 Chini 湖的 18 岁 Jakun 女性进行了全基因组测序研究。他们运用了多种先进的技术方法，主要包括以下几个关键技术：
- 样本处理与测序：采集血液样本提取基因组 DNA，使用 HiSeq 2000 平台进行全基因组测序，获得了平均 35.97 倍的测序覆盖度1。
- 数据分析：将测序数据与参考基因组比对，利用 GATK 等工具进行变异检测和注释；通过主成分分析（PCA）、ADMIXTURE 分析、TreeMix 分析和 F 统计等方法，研究种群结构和遗传关系；运用 Haplogrep 工具进行线粒体 DNA 分析237。
下面来看具体的研究结果：
- 基因组测序与变异鉴定：测序得到大量高质量的干净 reads，覆盖了 92.35% 的参考基因组。共检测到约 360 万个单核苷酸变异（SNV）和 51.78 万个小插入 / 缺失（indel），其中 39,916 个 SNV 是未在 dbSNP151 中报道过的新变异，10,167 个为非同义 SNV（nsSNV），分布在 5674 个基因中。此外，还发现了 PLBD1 基因的一个非同义变异，其临床意义有待评估45。
- 混合与系统发育分析：PCA 结果显示，Jakun_Seq 基因组与其他 Jakun 样本、东南亚样本和东亚样本聚类紧密，但与南亚、欧洲和非洲样本明显分离。ADMIXTURE 分析表明，Jakun 基因组有东亚、北婆罗洲等多个祖先成分，在 K = 7 时还出现了可能特有的祖先成分。TreeMix 和 F 统计结果进一步证实了 Jakun 与柬埔寨、北婆罗洲等人群存在基因流和遗传关联68。
- mtDNA 分析：线粒体基因组分析发现，Jakun_Seq 属于 N21a 单倍群，该单倍群在马来西亚和印度尼西亚的马来人群中常见，推测约在 19 kya 出现7。
- nsSNVs 的功能注释：通过 snpEFF、SIFT、PolyPhen - 2 和 CADD 等工具注释，确定了 825 个具有功能损害的 nsSNV，影响 720 个基因。这些基因在 “感觉 / 嗅觉” 和 “角蛋白丝” 等基因本体类别中显著富集。在 GWAS Catalog 中搜索发现，部分 nsSNV 与年龄相关黄斑变性、心房颤动等多种疾病相关。此外，还对 32 个核心药物吸收、分布、代谢和排泄（ADME）基因进行分析，发现 3310 个变异，其中 193 个在 PharmGKB 中有记录，21 个为 nsSNV910。
在研究结论和讨论部分，研究人员通过对 Jakun 女性基因组的全面分析，首次揭示了 Proto - Malay Jakun 部落的基因组结构。发现其与邻近的东南亚人群，尤其是柬埔寨和新加坡马来人群，有着更近的遗传亲缘关系和共同的祖先。检测到的基因流表明史前时期不同人群之间存在相互作用，这对于理解东南亚地区的人类迁徙和遗传演化具有重要意义。
在功能分析方面，发现的 825 个有害 nsSNV 与多种疾病相关，为后续研究这些疾病在该人群中的发生机制提供了线索。对 ADME 基因变异的研究，有助于深入了解该部落人群的药物代谢特点，为未来的药物研发和个性化治疗提供了重要的遗传学依据。例如，CYP2D6 基因的多个变异与药物代谢和反应相关，其在不同人群中的多态性可能导致药物疗效和不良反应的差异。而 GSTT1 基因在该 Jakun 基因组中未检测到变异，可能存在的 null 基因型与药物过敏反应风险增加有关。
此外，研究中发现的一些基因变异在不同人群中的频率差异，以及嗅觉相关基因的富集现象，也为探讨人群适应环境的遗传机制提供了有趣的线索。这一研究成果不仅丰富了人们对东南亚人群遗传多样性的认识，也为该地区的精准医学发展奠定了基础，具有重要的理论和实践意义。
