非洲裔前列腺癌遗传易感基因新发现：DNA修复通路与种群特异性变异谱系研究

　　本研究针对当前前列腺癌（PCa）种系检测（GT）存在的祖先偏倚问题，通过对217例非洲裔患者进行全基因组测序（WGS），鉴定出78个DNA损伤修复（DDR）相关基因中的172个潜在致病变异（PPV）。研究发现非洲人群的致病变异流行率（11.06%）低于非裔人群，但揭示了POLQ、PREX2、POLE等新型候选基因及FANCD2、MSH3等DNA修复通路基因的显著作用，为开发非洲人群特异性PCa遗传检测panel提供了关键依据。

　　

前列腺癌是全球男性最常见的恶性肿瘤之一，而非洲裔男性不仅发病率最高，更面临着极高的死亡率。这种健康差距背后，隐藏着遗传检测领域的重大空白——当前前列腺癌的种系检测（Germline Testing, GT）指南几乎完全基于欧洲裔人群的研究数据，导致非洲裔人群的遗传变异谱系被严重忽视。由于缺乏种群特异的遗传数据，许多非洲裔患者无法从精准医疗中获益，这种“一刀切”的检测策略进一步加剧了健康不平等。

为了打破这一困境，由Vanessa M. Hayes教授领衔的国际研究团队在《Nature Communications》发表了突破性研究。通过对217例非洲裔前列腺癌患者进行全基因组测序（WGS），研究人员系统描绘了该人群的遗传易感基因图谱，不仅验证了已知基因的种群特异性变异规律，更发现了多个前所未见的非洲裔特异性高危基因，为开发包容性遗传检测方案提供了坚实基石。

研究采用多中心合作模式，整合了南非前列腺癌研究（SAPCS）和全球前列腺癌基因组（PPCG）的非洲裔样本。通过全基因组测序（平均深度43.3X）和GATK标准流程进行变异检测，利用gnomAD v4.0和ClinVar数据库进行致病性注释。采用ADMIXTURE软件进行祖先成分分析，通过SIFT、PolyPhen-2等工具预测变异功能影响，并结合肿瘤测序数据验证双等位基因失活现象。研究还运用基因集富集分析（GSEA）和肿瘤突变负荷（TMB）分析揭示生物学通路特征。

基因组资源与患者特征

研究纳入186例南非祖鲁-科伊桑混血人群和31例泛非洲裔患者，通过64,654个 ancestry-informative SNVs 确认所有患者均具有非洲遗传背景。南非患者表现为更晚发病（平均66.7岁）和更高比例的高危组（ISUP GG≥4达53.2%），其PSA水平（平均233.6 ng/mL）显著高于泛非洲裔群体。

非洲裔PCa患者的潜在致病变异

研究共识别出45个罕见致病变异（PPV）涉及34个DDR/PCa相关基因，总体流行率为11.06%。值得注意的是，BRCA1、HOXB13等经典基因未见显著变异，而POLG p.Phe749Ser等种群特异性低频变异（PSLF-PPV）在南非人群中呈现较高频率（MAF=0.0134）。

跨祖先验证与基因候选集筛选

通过与非裔欧洲人群（PPCG）和健康老年对照（MGRB）比较，发现53.8%的非洲候选基因在非裔患者中同样存在变异。RECQL4、JAK2等基因呈现多变异热点，而TRRAP、CHD1L等基因显示种群特异性保护现象。

未知显著性变异的功能重注释

研究创新性地将529个VUS重新分类为潜在致癌变异（POV），其中138个罕见POV涉及61个基因。通过等位基因频率（MAF<1%）和功能预测筛选，发现PREX2、POLE等基因的种群特异性变异具有显著致癌潜力。

种群匹配对照与CHIP过滤

采用南部非洲（SAC）和东部非洲（EAC）对照人群进行变异过滤，保留135个高频变异。通过Integrative Genomics Viewer（IGV）可视化验证，排除克隆造血（CHIP）相关变异（VAF<0.3），确保变异的确认为生殖系起源。

变异致病性排名与基因优先度

研究建立九步评分系统，综合变异功能、临床表型和肿瘤二次打击证据进行加权排名。BRCA2、ATM等已知基因位居前列，但POLE、FAT1等新型候选基因排名超越传统基因，POLQ、LRP1B等基因的排名甚至超过ATM。

肿瘤突变负荷与分子特征

携带DNA聚合酶变异的患者呈现更高肿瘤突变负荷（TMB），其中POLE p.Pro99Leu和POLQ p.Leu232Ile双变异患者TMB达59.61。MSI（微卫星不稳定性）和DDR相关突变特征（ID1、SV3等）在变异携带者中显著富集。

研究最终确定了78个非洲裔前列腺癌遗传检测候选基因，包括11个已知基因和67个新型候选基因。这些基因显著富集于DNA损伤修复通路，特别是DNA聚合酶（POLE、POLQ、POLG）和范可尼贫血（FANCD2、FANCA）通路。值得注意的是，MSH3、PMS1等错配修复基因的表现超越其经典同源基因MSH6和PMS2。

该研究首次系统构建了非洲裔前列腺癌的遗传易感图谱，揭示了种群特异性变异规律和新型高危基因。这些发现不仅解释了当前遗传检测面板在非洲人群中的低效性，更为开发祖先包容性的检测方案提供了分子基础。研究强调需要针对非洲人群设计特异性检测策略，扩大基因检测范围至非经典DDR基因，并建立种群特异的临床管理指南。这些突破将有力推动前列腺癌精准医疗在全球范围内的公平实现，最终缩小不同人群间的健康差距。

（注：全文基于Nature Communications (2025)16:8799原文内容，所有专业术语、基因名称、变异命名均严格遵循原文表述）