中国东部小肠结肠炎耶尔森菌基因组多样性、耐药性进化及多宿主传播动态：一项为期19年的监测研究

　　本研究通过全基因组测序（WGS）对中国江苏地区（2005–2023年）多宿主来源的小肠结肠炎耶尔森菌（Yersinia enterocolitica）进行系统性监测，揭示了其流行病学趋势、基因组特征、抗菌药物耐药性（AMR）以及人畜传播动态。研究发现猪源分离株中高多重耐药（MDR）克隆ST429-O:3占主导，质粒（如IncC和IncFII(Y)）介导的耐药基因传播及犬类作为关键人畜共患储库的作用尤为突出，强调应加强“一体健康（One Health）”监测以应对MDR克隆引起的潜在暴发风险。

　　

Highlight

Distribution of Yersinia spp of different sources

2005年至2023年间，共收集来自不同来源的30398份样本，包括人类（n=7658）、食品（n=7600）、猪（n=3057）、狗（n=3011）、羊（n=3053）、鸡（n=2591）、牛（n=1528）和苍蝇（n=1900）。从中共鉴定出642株耶尔森菌属分离株，总检出率为2.11%（642/30398）。不同来源的检出率存在显著差异（p≤0.05）：动物中的检出率最高（3.26%，494/15140），其次是食品（1.51%，115/7600）和人类（0.43%，33/7658）。进一步分析显示，猪的检出率最高（7.29%），其次是狗（2.59%）和人类（1.44%）。

Discussion

本研究全面分析了跨越多个宿主（2005–2023年）的小肠结肠炎耶尔森菌（Y. enterocolitica），系统描述了其流行病学特征、基因组特性及抗菌药物耐药性。我们揭示出，在中国东部地区的猪、狗和家禽中存在的多重耐药（MDR）克隆构成了显著且不断升级的“一体健康（One Health）”威胁，亟需加强监测以遏制人畜共患传播和AMR扩散。在过去19年中，江苏地区的小肠结肠炎耶尔森菌呈现出多样化的流行趋势，猪作为主要储库，其ST429-O:3克隆的扩张尤为引人关注。

Conclusion

这项为期19年的全基因组测序（WGS）监测证实，小肠结肠炎耶尔森菌（Y. enterocolitica）是中国江苏地区持续存在的人畜共患病威胁。全基因组分析显示从猪、狗、鸡和人类分离的菌株之间具有高度基因组相关性。人类分离株中不断升级的多重耐药性（MDR），尤其是碳青霉烯类耐药率显著上升（27.01%），与江苏省临床抗生素的过度使用直接相关。质粒介导的AMR（尤其是携带qnrVC4和tet(A)的IncC型质粒）和ST656菌株的省际传播（核心基因组单核苷酸多态性（SNP）差异≤4）凸显出跨区域、多宿主传播的风险。我们呼吁建立针对猪、狗和家禽的强化“一体健康”监测体系，以遏制这些成功存活且具有潜在毒力的MDR克隆所引起的疾病暴发。