超越MALDI-TOF：全基因组测序揭示假单胞菌新物种与临床鉴定误区

　　本研究针对表型技术（如MALDI-TOF）误诊临床菌株的问题，通过全基因组测序(WGS)对原鉴定为Pseudomonas fragi的8株菌进行重新分类，发现1株为P. lundensis，7株为假单胞菌荧光分支新种，揭示了其耐药基因谱和毒力特征，为临床微生物精准鉴定提供了多技术整合策略。

　　

相较于表型鉴定方法（包括微型生化检测和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)），应采用全基因组测序(WGS)等先进平台以提升微生物鉴定精度。WGS的应用已促使多种曾被表型技术误判的临床病原菌被重新分类。本研究对经VITEK MS初步鉴定为Pseudomonas fragi的8株临床分离株进行WGS与生物信息学分析，结果显示：1株实为Pseudomonas lundensis，而平均核苷酸一致性(ANI)和系统发育重建表明剩余7株属于Pseudomonas fluorescens超分支内的新物种。这些菌株携带4种抗菌耐药基因，可耐受β-内酰胺类、氟喹诺酮类、苯酚类及四环素类药物，但体外药敏试验显示其对碳青霉烯类敏感、对粘菌素呈中度敏感。此外，这些菌株拥有与藻酸盐生物合成、鞭毛形成、菌毛组装及铁摄取相关的毒力因子基因，而III型分泌系统(T3SS)相关基因仅在P. lundensis中检测到。值得注意的是，这些Pseudomonas spp.分离株呈现多 haplotype 特征、高度相似的泛基因组及表型特性。本研究强调需整合多种技术（包括16S rRNA基因扩增、桑格测序和WGS等分子方法）与传统表型技术，以提升临床微生物鉴定的准确性。