综述:强大的微型蛋白降解靶向嵌合体:一类新兴的降解剂

【字体: 时间:2025年10月07日 来源:European Journal of Medicinal Chemistry 5.9

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  本综述系统介绍了基于N端规则(N-end rule)蛋白水解通路的创新性靶向蛋白降解技术——微型蛋白降解靶向嵌合体(mini-PROTACs)。文章重点阐述了其通过单一氨基酸降解信号(degron)实现靶蛋白泛素化降解的机制,突破了传统PROTAC分子量大、溶解性差等局限性,为克服E3连接酶(E3 ligases)耐药性及优化类药性提供了新策略。

  
微型蛋白降解靶向嵌合体:革新靶向治疗的新兴策略
引言
在真核生物中,自噬和泛素-蛋白酶体系统(Ubiquitin-Proteasome System, UPS)是维持蛋白稳态(protein homeostasis)和确保细胞正常功能的两大主要蛋白水解机制。其中UPS负责约80%的细胞内蛋白降解,通过酶促反应级联将泛素(Ubiquitin, Ub)标记到靶蛋白上,进而被26S蛋白酶体识别并降解。利用这种降解机制进行靶向蛋白降解(Targeted Protein Degradation, TPD)可纠正错误生物学过程,为恢复细胞平衡和治疗多种疾病提供了有效策略。
蛋白降解靶向嵌合体(Proteolysis-Targeting Chimera, PROTAC)是利用UPS的有效模式之一。它通过重组UPS系统,将有害蛋白标记泛素并导致其被蛋白酶体降解。尽管近年来取得技术进展并成功进入临床试验,PROTAC仍面临诸多挑战:人类约600种E3连接酶中仅有少数被用于PROTAC设计;其分子量较大(>700 Da),通常违反Lipinski五规则(Lipinski's rule of five),影响水溶性和生物利用度。N端规则通路——一种重要的泛素介导的蛋白水解途径——为PROTAC优化提供了新方向。
N端规则蛋白水解通路
N端规则于1986年发现,是真核生物中第一个遗传定义的泛素介导降解通路,它将蛋白N端残基的身份与其体内半衰期相联系。由于起始密码子编码的甲硫氨酸(Met)是稳定残基, destabilizing残基暴露于N端通常源于蛋白加工或修饰(如切割)。最初,两类氨基酸被鉴定:1型碱性残基(如Arg, His, Lys)和2型疏水残基(如Phe, Trp, Leu)。这些残基可被特定的E3连接酶(如UBR家族)识别,从而启动泛素化和降解。
基于N端规则通路的PROTACs
由于PROTAC设计中采用的E3连接酶和降解信号(degron)相当有限,探索其他高效降解通路势在必行。传统PROTAC的降解部分分子量多超过250 Da甚至达800 Da,加上连接链(linker)和弹头(warhead),其总分子量易超过700 Da,打破了类药性质的“五规则”。而N端规则通路中发现的最短降解信号仅为一个氨基酸,这启发研究人员开发了新型微型PROTACs(mini-PROTACs)。
这类微型PROTACs携带小巧、多样且可互换的降解信号,不仅保留了模块化特征,还显著改善了类药性质。其设计减小了化合物尺寸,无需连接链,并允许通过多通路轻松微调降解效率。例如,基于精氨酸(Arg)的降解信号可有效招募UBR E3连接酶,实现靶蛋白的高效降解。
讨论
靶向治疗旨在针对明确的致病驱动因子开发有效治疗剂。小分子抑制剂是主要手段,但常受耐药性和难以接近的靶点阻碍。近年来,TPD技术作为一种新型治疗策略,能够通过蛋白水解直接破坏靶蛋白,展现出巨大潜力。作为领先的TPD模式,PROTACs设计相对简便,并可靶向传统“不可成药”蛋白。
微型PROTACs基于N端规则通路,具有独特优势:其小尺寸和高适应性有助于克服现有E3连接酶相关的耐药性问题,并提高口服生物利用度和组织渗透性。然而,其降解效率可能受细胞类型和靶蛋白特性影响,且体内稳定性和免疫原性需进一步评估。总体而言,微型PROTACs为代表的新兴降解剂类别,为推进靶向蛋白降解的临床应用提供了有希望的方向。
作者贡献声明
贾伟元(Jiawei Yuan)负责形式分析;张建超(Jianchao Zhang)参与文稿审阅、形式分析和概念设计;饶海(Hai Rao)负责文稿审阅和资金获取;廖柯帆(Kefan Liao)负责初稿撰写、验证和数据整理;陈晓(Xiao Chen)负责初稿撰写和概念设计。
数据可用性
数据可根据请求提供。
利益冲突声明
作者声明不存在任何可能影响本研究的财务或个人关系冲突。
致谢
本研究由国家重点研发计划(2021YFA0909300)、国家自然科学基金(82473177至张建超,82170159至饶海)、广东省自然科学基金(2025A1515011516至张建超)、深圳市基础研究计划(JCYJ20220818100412028至饶海,JCYJ20210324105007019至张建超)、广东省重点人才计划(2021CX02Y084至饶海)和高水平专项基金(G03050K003至饶海)等资助。
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