Pseudomonas algeriensis sp. nov.：一种具有良好磷酸盐溶解能力的内生细菌，从阿尔及利亚西北部沿海沙丘中的豆科植物根瘤中分离得到

《Current Microbiology》：Pseudomonas algeriensis sp. nov.: A Promising Phosphate-Solubilizing Endophytic Bacterium Isolated from Legume Root Nodules in the Coastal Dunes of Northwest Algeria

　　从阿尔及利亚海岸沙丘的Retama monosperma根瘤中分离到新型假单胞菌NR3^T，通过多相分析和基因组比较（dDDH、OrthoANIu），结合16S rRNA、MLSA及72个管家基因系统发育分析，确认其属于新物种Pseudomonas algeriensis sp. nov., 具有溶磷基因等农业应用潜力。

　　

摘要

NR3^T菌株是一种内生细菌，从阿尔及利亚西北部Cap-Falcon海滩沿海沙丘中采集的Retama monosperma根瘤中分离得到。其分类地位通过多相方法确定。对16S rRNA基因序列的分析显示，NR3^T菌株与Pseudomonas canavaninivorans HB002^T（99.6%）、Pseudomonas alvandae SWRI17^T（99.5%）、Pseudomonas bijieensis L22-9^T（99.5%）和Pseudomonas tehranensis SWRI196^T（99.4%）的序列相似度最高。进一步的16S rRNA系统发育分析证实这些物种是其最近的亲缘关系。基于四个管家基因（16S rRNA、gyrB、rpoB和rpoD）的多基因位点序列分析（MLSA）将NR3^T菌株置于一个独特且分离良好的支系中，使其与其他所有Pseudomonas物种区分开来。使用Type (Strain) Genome Server进行的全面系统基因组分析以及基于72个管家基因的基因组规模系统发育重建进一步证实了NR3^T菌株的独特系统发育位置，强调了它与其最近亲缘关系（包括P. canavaninivorans HB002^T和P. alvandae SWRI17^T）的分化，并确定“Pseudomonas agronomica” SAICEU22^T为其最近的系统发育邻居。通过数字DNA-DNA杂交（dDDH）和成对同源平均核苷酸身份（OrthoANIu）进行的全基因组序列比较得到的数值远低于物种划分阈值（dDDH为39.0%和38.6%，OrthoANIu为89.5%和89.2%），进一步确认NR3^T菌株代表一个独立的Pseudomonas物种。NR3^T菌株的基因组包含5,694,417个碱基对（bp），G+C含量为60.7%，预计编码5102个编码序列（CDSs）。值得注意的是，鉴定出几个与促进植物生长特性相关的基因，特别是那些参与磷酸盐溶解的基因，表明其具有增强可持续农业实践的潜力。表型特征表明，NR3^T菌株是一种革兰氏阴性、杆状、具有运动能力的细菌。它在4至47°C的温度范围内生长，最适生长温度为28°C，pH范围为5.0至10.0（最适pH为7），能耐受高达4%（w/v）的NaCl浓度，最适生长浓度为0.5%。NR3^T菌株的主要细胞脂肪酸为C_16:0、C_14:0 3–OH/C_16:1 iso I和C_18:1 ω7c/C_18:1 ω6c。基于系统发育、基因组和表型分析，NR3^T菌株（= DSM 117380^T = CIP 112483^T = LMG 33617^T）被指定为一个新Pseudomonas物种的模式菌株，建议将其命名为Pseudomonas algeriensis sp. nov.