新发现的一种名为Streptococcus atopica的链球菌，从一名患有特应性皮炎的幼儿的粪便中分离得到

《Current Microbiology》：Streptococcus atopica sp. nov., Isolated from the Feces of a Toddler with Atopic Dermatitis

　　从特应性皮炎患儿粪便中分离出一株兼性厌氧革兰氏阳性杆菌AD045-1?，基于16S rRNA基因和系统发育分析，虽与S. anginosus近缘但ani值及ddh值均低于物种阈值，故将其归类为新种S. atopica，模式菌株为AD045-1? (=BCRC 81461?=NBRC 117137?)。

　　

摘要

从一名25个月大、被诊断为特应性皮炎的男童的粪便样本中分离出一种兼性厌氧、革兰氏阳性、杆状的细菌菌株，命名为AD045-1T。对该菌株16S rRNA基因的V3和V4高变区进行序列分析后发现，其与Streptococcus anginosus亚种anginosus DSM 20563T和Streptococcus anginosus亚种whileyi CCUG 39159T的序列相似度分别为100%和99.8%。然而，基于全长16S rRNA基因（1,562 bp）的系统发育分析显示，AD045-1T与S. anginosus亚种anginosus DSM 20563T的序列相似度最高（99.7%），其次是S. anginosus亚种whileyi CCUG 39159T（99.6%）和“Streptococcus vaginalis” P1L01T（98.5%）。AD045-1T与S. anginosus亚种anginosus以及S. anginosus亚种whileyi之间的平均核苷酸同一性（ANI）值分别为94.4–94.7%和93.4–93.6%，其与最接近物种的DNA-DNA杂交实验的最高值为58.1%。Streptococcus hominis NSJ-17T也与AD045-1T的ANI值相对较高（96.1%），但16S rRNA基因的相似度仅为98.4%，dDDH值为67.3%，低于区分物种所需的70%阈值。AD045-1T的主要细胞脂肪酸为16:0、18:1ω7c和14:0。根据系统发育、基因型和表型数据，我们建议将这一菌株归类为Streptococcus属的一个新物种，命名为Streptococcus atopica sp. nov.，并以AD045-1T（= BCRC 81461T = NBRC 117137T）作为该物种的模式菌株。