从印度零售肉类中分离出多重耐药的鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii），并通过全基因组分析揭示高风险克隆株及其通过动物传播给人类的威胁

　　阿米巴不动杆菌在印度零售肉类中耐药性及基因组特征研究。分析9株分离自不同肉类样本的A. baumannii，发现均对β-内酰胺类耐药但对其他药物敏感。基因组分析显示携带17-22个耐药基因及多种毒力因子，存在高风险克隆IC-2/5和可移动遗传元件（MGEs）携带OXA-23、NDM-1等耐药基因。地理和宿主特异性分布的KL/OCL基因型提示人畜共患风险。建议整合WGS的One Health策略控制耐药传播。

　　

摘要

鲍曼不动杆菌是一种多重耐药（MDR）病原体，在牲畜和食品产品中的检出率日益增加，这引发了人们对人畜共患病传播的担忧。本研究对来自印度零售肉类的鲍曼不动杆菌分离株进行了分析，评估了其基因组多样性、抗菌素耐药性（AMR）、毒力因子（VFs）和可移动遗传元件（MGEs）。通过CHROMagar?、生化测试、BD Phoenix? M50和B PCR方法，从鸡肉、水牛肉、猪肉、羊肉和虾中鉴定出了9株鲍曼不动杆菌分离株。使用MIC测定法确定了这些分离株的抗生素敏感性。随后进行了全基因组测序（WGS），并针对全球范围内的动物、禽类和肉类分离株进行了系统发育、耐药组、毒力组和可移动基因组分析。所有9株分离株均对β-内酰胺类抗生素（阿莫西林-克拉维酸、氨苄西林、阿兹特雷诺胺、头孢唑啉、头孢呋辛）具有耐药性，但对四环素、阿米卡星、环丙沙星和碳青霉烯类抗生素仍保持敏感。基因组分析显示，这些分离株的基因组大小为3.67–3.9 Mbp，包含27–49个contigs，每株含有17–22个耐药基因。全球系统发育分析确定了两个主要分支，这些分支具有宿主和国家特异性聚集特征（例如，印度零售鸡肉中的ST-1512-OCL2-KL9，法国伴侣动物中的ST-25-OCL6-KL14）。核心毒力因子包括生物膜形成相关基因（ompA, csuA-E, pgaA-D）、铁摄取相关基因（basA-J, bauA-F）和脂多糖生物合成基因。质粒预测共发现242个质粒（55个为接合型质粒，32个为可移动质粒），其中112个质粒携带耐药基因（AAC, APH, sul2, tet(B)）。可移动遗传元件（IS、Tn、ICE）与bla_OXA-23、bla_NDM-1和氨基糖苷类抗生素耐药基因相关。荚膜（KL）和脂寡糖（OCL）基因位点表现出地理和宿主特异性分布（例如，法国的KL14-OCL6，英国牲畜中的KL19-OCL1）。零售肉类是多重耐药鲍曼不动杆菌的储存库，其基因组特征与临床菌株相似。高风险克隆（IC-2、IC-5）的存在，以及碳青霉烯类抗生素耐药基因（bla_OXA-23、bla_NDM-1）和可移动耐药质粒的存在，突显了人畜共患病传播的风险。采用基于全基因组测序（WGS）的“同一健康”（One Health）监测方法对于遏制鲍曼不动杆菌通过食物链的传播至关重要。

鲍曼不动杆菌是一种多重耐药（MDR）病原体，在牲畜和食品产品中的检出率日益增加，这引发了人们对人畜共患病传播的担忧。本研究对来自印度零售肉类的鲍曼不动杆菌分离株进行了分析，评估了其基因组多样性、抗菌素耐药性（AMR）、毒力因子（VFs）和可移动遗传元件（MGEs）。通过CHROMagar?、生化测试、BD Phoenix? M50和< />B PCR方法，从鸡肉、水牛肉、猪肉、羊肉和虾中鉴定出了9株鲍曼不动杆菌分离株。使用MIC测定法确定了这些分离株的抗生素敏感性。随后进行了全基因组测序（WGS），并针对全球范围内的动物、禽类和肉类分离株进行了系统发育、耐药组、毒力组和可移动基因组分析。所有9株分离株均对β-内酰胺类抗生素（阿莫西林-克拉维酸、氨苄西林、阿兹特雷诺胺、头孢唑啉、头孢呋辛）具有耐药性，但对四环素、阿米卡星、环丙沙星和碳青霉烯类抗生素仍保持敏感。基因组分析显示，这些分离株的基因组大小为3.67–3.9 Mbp，包含27–49个contigs，每株含有17–22个耐药基因。全球系统发育分析确定了两个主要分支，这些分支具有宿主和国家特异性聚集特征（例如，印度零售鸡肉中的ST-1512-OCL2-KL9，法国伴侣动物中的ST-25-OCL6-KL14）。核心毒力因子包括生物膜形成相关基因（ompA, csuA-E, pgaA-D）、铁摄取相关基因（basA-J, bauA-F）和脂多糖生物合成基因。质粒预测共发现242个质粒（55个为接合型质粒，32个为可移动质粒），其中112个质粒携带耐药基因（AAC, APH, sul2, tet(B)。可移动遗传元件（IS、Tn、ICE）与bla_OXA-23、bla_NDM-1和氨基糖苷类抗生素耐药基因相关。荚膜（KL）和脂寡糖（OCL）基因位点表现出地理和宿主特异性分布（例如，法国的KL14-OCL6，英国牲畜中的KL19-OCL1）。零售肉类是多重耐药鲍曼不动杆菌的储存库，其基因组特征与临床菌株相似。高风险克隆（IC-2、IC-5）的存在，以及碳青霉烯类抗生素耐药基因（bla_OXA-23、bla_NDM-1）和可移动耐药质粒的存在，突显了人畜共患病传播的风险。采用基于全基因组测序（WGS）的“同一健康”（One Health）监测方法对于遏制鲍曼不动杆菌通过食物链的传播至关重要。