产超广谱β-内酰胺酶尿路致病性大肠杆菌（ESBL-UPEC）临床分离株的基因组测序研究及其耐药机制分析

　　本研究由泰国清迈大学团队针对多重耐药尿路感染病原体开展基因组测序分析，成功解析了两株ESBL-UPEC临床分离株（AT82/AT84）的基因组特征（约5.16 Mb），为耐药机制研究和感染防控提供了重要分子基础。

　　

研究人员报告了从泰国尿路感染患者中分离出的两株产超广谱β-内酰胺酶（ESBL）尿路致病性大肠杆菌（UPEC）AT82和AT84的基因组草图。这两株菌的基因组大小分别为5,168 kb和5,164 kb，通过Illumina NovaSeq平台进行双末端测序（2×150 bp），并经生物信息学流程完成组装与注释。

尿路感染（UTIs）是全球最常见的细菌感染之一，其中UPEC是主要病原体。多重耐药UPEC菌株的日益增多对公共卫生和临床治疗构成严重威胁。本研究中，两株大肠杆菌分离自泰国清迈大学马哈拉杰纳空医院（MNCMH）2020年收治的UTI患者尿液样本：AT82来自83岁男性导尿样本，AT84来自54岁男性中段尿样本。菌株经麦康凯琼脂培养，并通过CLSI标准确认ESBL表型。通过PCR检测UPEC特异性标志基因（c3509、c3686、chuA和uidA），证实两者均为UPEC。研究方案获清迈大学伦理委员会批准（批号MIC-2568-0350）。

基因组DNA使用Qiagen试剂盒提取，经Qubit定量后，利用Illumina TruSeq建库试剂盒制备测序文库。原始数据经FastQC质控和Trimmomatic过滤（参数：ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10:2:keepBothReads, HEADCROP:10, SLIDINGWINDOW:4:25），随后通过Unicycler（整合SPAdes）进行组装，QUAST评估组装质量，NCBI原核基因组注释管道（PGAP）完成注释。

基因组特征显示：AT82和AT84测序深度分别为185X和172X，GC含量均为50.55%，contig数分别为148和140，N50值分别为189,647 bp和206,995 bp，基因组完整度约98.71%，预测基因数均为5,141个。数据已存入NCBI（BioProject PRJNA1287066；BioSample SAMN49806876/SAMN49806877；SRA SRR34379154/SRR34379153；GenBank JBPSNA000000000/JBPSNB000000000）。

本研究由清迈大学医学院研究基金（MC091/2566、MC126/2564）资助，部分作者获得CMU校长奖学金和医学院奖学金支持。