链霉菌G6基因组草图揭示新型羊毛硫抗生素等生物合成基因簇的生物医学潜力

　　来自菲律宾的研究人员对一株具有多重耐药菌抑制活性的链霉菌G6开展基因组测序分析，成功解析其7.20 Mbp基因组并鉴定出25个生物合成基因簇（包括lanthipeptides、NRPS、PKS等），为新型抗生素发现提供了重要遗传资源。

　　

研究人员公布了链霉菌(Streptomyces sp.)G6菌株的基因组草图，该基因组大小为7.20 Mbp（GC含量71.8%），携带25个生物合成基因簇(BGC)，包括翻译后修饰肽、非核糖体肽(NRPS)和聚酮合酶(PKS)等。值得注意的是，研究发现了参与羊毛硫肽(Lanthipeptide)和planosporicin等核糖体合成翻译后修饰肽(RiPPs)合成的基因簇，这类小分子肽具有显著的抗菌和抗病毒活性。

通过Illumina MiSeq平台进行测序（2×301 bp双端测序），使用SPAdes进行^{de novo}组装，并经CheckM2评估显示基因组完整度达99.9%。系统发育分析表明G6与^{Streptomyces sp. M92（ANI 96.1%，dDDH 65.5%）亲缘最近，但可能代表一个新物种。该菌分离自菲律宾塔吉格市土壤样本，对多重耐药(MDR)的粪肠球菌(Enterococcus faecalis)和鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)具有拮抗活性。}

基因组注释显示其包含6,982个编码序列、67个tRNA、3个质粒和1个前噬菌体区域。生物信息学工具AntiSMASH和BAGEL4预测的BGC类型涵盖萜烯、铁载体、吲哚类化合物等，其中区域1.6和1.18编码的I类羊毛硫肽、区域1.5编码的V类羊毛硫肽尤其具有药物开发潜力。本研究为开发新型抗生素提供了基因组学基础。