从患有大肠杆菌败血症的圈养孔雀中分离出的多重耐药大肠杆菌F14E的基因组序列草图

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genome sequence of multidrug-resistant Escherichia coli F14E isolated from a captive common peacock with colisepticemia

　　报告了从一只确诊colisepticemia的孔雀粪便中分离的多重耐药大肠杆菌F14E的基因组序列。该菌株基因组约4.7Mb，含130条contig，GC含量50.5%，完整性达99.27%，携带51个耐药基因和59个致病基因。

　　

摘要

我们报告了从患有菌血症的圈养孔雀（Pavo cristatus）的粪便样本中分离出的多重耐药菌株Escherichia coli F14E的基因组序列草图。该基因组由大约4.7 Mb的DNA组成，分布在130个contig中，GC含量为50.50%，基因组完整性为99.27%。

公告

Escherichia coli是一种革兰氏阴性兼性厌氧菌，包括共生菌株和能在多种宿主体内引起疾病的致病性变种（1，2）。多重耐药（MDR）E. coli菌株的兴起是全球公共卫生关注的问题（3）。野生动物，包括孔雀，可以作为抗微生物基因（ARGs）的储存库，并通过环境途径传播这些基因（4，5）。由E. coli引起的菌血症是一种可发生在多种鸟类物种中的疾病，包括孔雀（6，7）。导致菌血症的E. coli菌株难以控制，并存在人畜共通感染的风险（8）。研究来自鸟类的E. coli分离株有助于了解抗性-毒力动态（6）。我们报告了从患有菌血症的孔雀中分离并对其进行基因组分析的MDR致病性E. coli菌株（F14E）的研究结果。

在孟加拉国Gazipur农业大学野生动物繁殖与保护野外实验室（24.09°N，90.41°E），我们从一只21个月大的被诊断为菌血症的孔雀体内无菌采集了12份新鲜排泄的粪便样本。样本使用无菌粪便管收集，用无菌蒸馏水稀释后进行涡旋处理，以便后续分析。为了分离E. coli，样本在37°C下于营养肉汤（Oxoid，英国）中过夜富集，然后进行系列稀释（10^?3），并涂布在伊红-亚甲蓝琼脂（Oxoid，英国）上。24小时后观察到金属绿色光泽的菌落，根据形态学特征、革兰氏染色和生化测试确认该菌株为E. coli（5，9）。使用VITEK-2系统v9.01确认了E. coli的物种身份（10）。根据CLSI M100（2023）指南（11）的Kirby-Bauer纸片扩散法，菌株F14E对氨苄西林、阿奇霉素、氧哌嗪青霉素、磺胺类药物和四环素具有耐药性。为了提取DNA，菌株F14E在37°C下于营养肉汤中培养18-24小时。使用QIAamp DNA Mini Kit（QIAGEN，德国）提取基因组DNA，并用NanoDrop 2000（Thermo Fisher，美国）进行定量（12）。根据制造商的方案，使用Nextera DNA Flex Kit（Illumina，美国）从1 ng DNA制备文库，包括酶切片段化和大小筛选，然后在Illumina MiSeq平台上进行测序（2×250 bp）。原始读长（N = 5,023,404）使用Trimmomatic v0.39（13）进行修剪，并用FastQC v0.12.1（14）进行质量评估。基因组组装使用SPAdes v4.2.0（15）完成，并使用NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline v6.10（16）进行注释。使用CheckM v1.2.3（17，18，18，19），RAST服务器（20）和PathogenFinder2 v0.5.0（21）分别评估了基因组完整性、毒力因子基因、抗微生物基因、代谢途径和人类致病潜力。除非另有说明，所有软件均使用默认参数。

E. coli F14E的主要基因组特征在表1中呈现。该基因组被组装成130个contig，总长度约为4.67 Mb，GC含量为50.5%，基因组完整性为99.27%（污染率为0.38%）。我们预测了51个抗微生物基因（ARGs）和59个毒力因子基因（VFGs），以及377个功能子系统。此外，该菌株与105个致病家族相关，其作为人类病原体的预测得分为0.976（满分1.0）。这些结果突显了E. coli F14E在孔雀菌血症中的潜在作用，强调了其在兽医和公共卫生研究中的重要性。

表1

表1 从患有菌血症的圈养孔雀粪便中分离出的E. coli F14E的总体基因组特征

基因组特征	E. coli F14E菌株
基因组大小（bp）	4,667,555
基因组覆盖度（×）	133 ×
基因组完整性（%）	99.27（污染率0.38%）
contig数量	130
Contig N50（bp）	106,961
GC含量（%）	50.5
编码序列（CDSs）	4,544
蛋白质编码基因	4,345
子系统数量	377
VFGs数量	59
ARGs数量	51
PathogenFinder2得分	0.976
基因组访问号	JBOEQB000000000
序列读取存档（SRA）访问号	SRR33697068

致谢

本研究得到了孟加拉国科学技术部（MoST）的研究资助（资助编号：SRG-131044）。