本氏烟草SKP1.1家族全基因组鉴定及其在尾矿库废水胁迫下的表达调控分析

《General and Comparative Endocrinology》：Genome-wide identification, characterization, and expression analysis of the SKP1.1 family in Nicotiana benthamiana exposed to tailings dam wastewater

　　本研究通过生物信息学方法在本氏烟草中鉴定出30个SKP1.1家族成员，并系统分析了其在尾矿库废水胁迫下的表达模式与亚细胞定位。研究发现NbSKP1.1表达受污染物抑制，且关键成员（NbSKP1.1/1.2/1.3/L1）呈现核质双重定位，为揭示植物通过SCF（SKP1-Cullin1-F-box）泛素连接酶复合物响应复杂环境胁迫的分子机制提供了新见解。

　　

Highlight

Identification and analysis of the NbSKP1.1 family physicochemical properties

通过将NbSKP1.1氨基酸序列提交至SGN数据库，初步鉴定出本氏烟草中SKP1.1家族的31个成员（表1）。对预测的NbSKPs序列进行比对和染色体定位分析，发现一个重复序列。利用Batch Web CD-Search、InterPro和SMART在线工具分析确认，所有成员均包含BTB_POZ_SKP1和SKP1保守结构域中的一个或两个。最终鉴定获得30个成员。

Discussion

作为SCF复合物的核心组分，SKP1已在多种物种中被鉴定，包括酵母、人类、拟南芥、水稻和番茄，其对应的SKP1家族成员数量分别为1、1、21、31和19。然而，对本氏烟草中SKP1.1家族的全面分析尚属空白。本研究鉴定了30个SKP1.1家族成员。

Conclusion

本研究通过生物信息学方法鉴定并表征了30个NbSKP1.1的推定同源物（表1）。对拟南芥和本氏烟草SKP1进行了系统发育分析，将其划分为六个不同的亚组。值得注意的是，NbSKP1.1、NbSKP1.2和NbSKP1.3与ASK1和ASK2聚集在同一亚组中（图1）。基序分析表明，每个亚组都具有独特的基序特征（图2b）。NbSKP1.1同源家族成员在响应尾矿库废水胁迫时表现出不同的表达模式。