CoVarNet揭示组织生态系统：从细胞中心到模块化生物学的新范式

《Cancer Research》：A, CoVarNet identifies CMs by applying matrix factorization to cell-type a... Available to Purchase

　　来自Shi等研究人员开发的计算框架CoVarNet，通过单细胞和空间转录组学分析35种人体组织，识别出跨免疫、基质和内皮细胞的可重复多细胞模块（CM）。研究发现CM在衰老等生物过程中动态重组，而癌症进展伴随组织特异性CM破坏和致癌生态系统cCM02的出现，为肿瘤诊断和治疗提供了新靶点。

　　

组织功能源于不同细胞类型间的协同互作，但这些互作如何结构化并在疾病中重构尚不明确。近期研究中，Shi团队提出CoVarNet计算框架，通过矩阵分解对单细胞和空间转录组（spatial transcriptomics）数据进行分析，在35种人体组织中绘制出可重复的多细胞模块（CM）。这些跨越免疫、基质和内皮细胞的CM展现出跨组织系统的功能组织性，并对衰老、绝经等生物转变产生动态响应。值得注意的是，癌症进展的标志是组织特异性CM的瓦解和一种趋同的癌症相关生态系统cCM02的出现。这种重构反映了恶性病变中组织架构的根本性重组，为诊断和治疗靶向提供了新机遇。该研究实现了从细胞中心向生态系统层面生物学的概念进阶，并为整合多模态数据解析组织协调性提供了通用框架。