印度Jamun（Syzygium cumini L.）种质资源中SSR标记的重新开发及遗传多样性分析

《Trees》：De Novo SSR marker development and genetic diversity analysis in Indian Jamun (Syzygium cumini L.) germplasm

　　绛桐基因组测序成功开发高PIC SSR标记，为遗传多样性分析和分子育种提供工具。通过Illumina测序获得432Mb组装，鉴定72464个SSR，二核苷酸为主。30个多态性引物分析254份材料，PIC达0.88，种群结构显示地理分化，遗传分化指数FST=0.2159（p<0.001）。

　　

摘要

关键信息

在印度酸枣（Syzygium cumini）中开发出从头生成的简单序列重复（SSR)标记，这些标记具有较高的多态性信息含量（PIC）和较强的跨物种转移能力，为遗传多样性分析、物种保护和分子育种提供了宝贵的资源。

印度酸枣（Syzygium cumini）是一种未被充分开发的热带果树，因其营养价值和药用特性而受到重视，尤其是其富含抗氧化剂、黄酮类化合物和酚类物质。尽管它具有经济和药用潜力，但关于印度酸枣的基因组资源仍然有限。在这项研究中，使用Illumina HiSeq 2500平台对‘Dupdal’品种进行了部分基因组测序，获得了432 Mb的基因组序列，并鉴定出72,464个简单序列重复（SSR）位点，其中以二核苷酸基序为主。利用30个多态性SSR引物对254个印度酸枣样本进行了基因分型。这些标记表现出较高的信息含量，多态性信息含量（PIC）值介于0.80到0.94之间（平均值为0.88）。观察到的杂合度与预期杂合度分别介于0.33到0.84以及0.62到0.94之间。通过邻接树分析、STRUCTURE软件和主成分分析（PCA）对种群结构进行分析后发现，存在两个不同的遗传群体，这些群体大致对应于不同的地理起源。分子方差分析（AMOVA）表明，21.54%的遗传变异存在于不同种群之间，而78.44%的遗传变异存在于同一种群内部；显著的固定指数（FST = 0.2159；p = 0.001）表明这些种群之间存在较高的遗传分化。新开发的基于全基因组的SSR标记不仅具有较高的多态性信息含量，还具有很强的跨物种转移能力，为Syzygium cumini及其相关物种的遗传多样性分析、物种保护和分子育种提供了重要工具。

关键信息

在印度酸枣中开发出从头生成的简单序列重复（SSR)标记，这些标记具有较高的多态性信息含量（PIC）和较强的跨物种转移能力，为Syzygium cumini的遗传多样性分析、物种保护和分子育种提供了宝贵的资源。

印度酸枣（Syzygium cumini）是一种未被充分开发的热带果树，因其营养价值和药用特性而受到重视，尤其是其富含抗氧化剂、黄酮类化合物和酚类物质。尽管它具有经济和药用潜力，但关于印度酸枣的基因组资源仍然有限。在这项研究中，使用Illumina HiSeq 2500平台对‘Dupdal’品种进行了部分基因组测序，获得了432 Mb的基因组序列，并鉴定出72,464个简单序列重复（SSR）位点，其中以二核苷酸基序为主。利用30个多态性SSR引物对254个印度酸枣样本进行了基因分型。这些标记表现出较高的信息含量，多态性信息含量（PIC）值介于0.80到0.94之间（平均值为0.88）。观察到的杂合度与预期杂合度分别介于0.33到0.84以及0.62到0.94之间。通过邻接树分析、STRUCTURE软件和主成分分析（PCA）对种群结构进行分析后发现，存在两个不同的遗传群体，这些群体大致对应于不同的地理起源。分子方差分析（AMOVA）表明，21.54%的遗传变异存在于不同种群之间，而78.44%的遗传变异存在于同一种群内部；显著的固定指数（FST = 0.2159；p = 0.001）表明这些种群之间存在较高的遗传分化。新开发的基于全基因组的SSR标记不仅具有较高的多态性信息含量，还具有很强的跨物种转移能力，为Syzygium cumini及其相关物种的遗传多样性分析、物种保护和分子育种提供了重要工具。