土耳其和伊拉克两种獴（Herpestes ichneumon 和 Urva auropunctata）的比较线粒体基因组序列及其系统发育关系

《Mammal Research》：Comparative mitogenome sequences and phylogenetic relationships of two mongooses (Herpestes ichneumon and Urva auropunctata) from Türkiye and Iraq

　　线粒体基因组首次完整测序分析 Egyptian mongoose 和 small Indian mongoose 的遗传结构及系统发生，确认 Herpestidae 两亚科，揭示地理遗传差异及分子年代学特征。

　　

摘要

獴科（Herpestidae）物种在非洲、亚洲及多个岛屿地区具有广泛的地理分布，然而许多分类单元和地区的线粒体基因组数据仍然十分匮乏。本研究首次分析了来自土耳其的埃及獴（Herpestes ichneumon）和来自伊拉克的小印度獴（Urva auropunctata）的完整线粒体基因组，以探讨其在獴科内的遗传结构及系统发育关系。这两种獴的线粒体基因组在整体组织和大小上较为相似（Herpestes ichneumon为16,660 bp，Urva auropunctata为16,761 bp），主要差异存在于D环（控制区域），该区域的重复序列会影响基因组长度。利用完整线粒体基因组和细胞色素b（CYTB）序列进行的最大似然（ML）和贝叶斯推断（BI）系统发育分析进一步验证了以往关于獴科系统发育的研究结果。研究结果支持将獴科分为两个亚科（Herpestinae和Mungotinae），证实了Urva的单系性，并揭示了Herpestes的并系性。根据完整线粒体基因组序列，伊拉克的Urva auropunctata样本与日本和斐济的样本聚类在一起，表明其种内变异程度较低。Herpestes ichneumon则与Galerella sanguine处于同一分支。此外，基于CYTB序列，Herpestes ichneumon的单倍型被分为三个谱系群（伊比利亚、黎凡特和南非）。分子钟估计显示，獴科大约在3076万年前从真獴科（Eupleridae）分化出来，亚科分化发生在早中新世（约1987万年前）。在Urva属内部，各物种开始分化的时间约为1250万年前，其中U. javanica和U. auropunctata的分化时间约为467万年前。土耳其和黎巴嫩的Herpestes ichneumon样本以及伊拉克、日本和斐济的Urva auropunctata种群之间也存在着近期分化（约15万年前至60万年前），这表明这两种物种的种内分化仍在持续进行。本研究通过比较来自地理相关地区的线粒体基因组的结构和组织特征，并结合基于完整线粒体基因组和CYTB序列的系统发育及进化年代分析，为这两种獴的系统发育和进化历史提供了宝贵的见解。

獴科（Herpestidae）物种在非洲、亚洲及多个岛屿地区具有广泛的地理分布，然而许多分类单元和地区的线粒体基因组数据仍然十分匮乏。本研究首次分析了来自土耳其的埃及獴（Herpestes ichneumon）和来自伊拉克的小印度獴（Urva auropunctata）的完整线粒体基因组，以探讨其在獴科内的遗传结构及系统发育关系。这两种獴的线粒体基因组在整体组织和大小上较为相似（Herpestes ichneumon为16,660 bp，Urva auropunctata为16,761 bp），主要差异存在于D环（控制区域），该区域的重复序列会影响基因组长度。利用完整线粒体基因组和细胞色素b（CYTB）序列进行的最大似然（ML）和贝叶斯推断（BI）系统发育分析进一步验证了以往关于獴科系统发育的研究结果。研究结果支持将獴科分为两个亚科（Herpestinae和Mungotinae），证实了Urva的单系性，并揭示了Herpestes的并系性。根据完整线粒体基因组序列，伊拉克的Urva auropunctata样本与日本和斐济的样本聚类在一起，表明其种内变异程度较低。Herpestes ichneumon与Galerella sanguine处于同一分支。此外，基于CYTB序列，Herpestes ichneumon的单倍型被分为三个谱系群（伊比利亚、黎凡特和南非），反映了区域间的遗传差异。分子钟估计显示，獴科大约在3076万年前从真獴科分化出来，亚科分化发生在早中新世（约1987万年前）。在Urva属内部，各物种开始分化的时间约为1250万年前，其中U. javanica和U. auropunctata的分化时间约为467万年前。土耳其和黎巴嫩的Herpestes ichneumon样本以及伊拉克、日本和斐济的Urva auropunctata种群之间也存在着近期分化（约15万年前至60万年前），这表明这两种物种的种内分化仍在持续进行。本研究通过比较来自地理相关地区的线粒体基因组的结构和组织特征，并结合基于完整线粒体基因组和CYTB序列的系统发育及进化年代分析，为这两种獴的系统发育和进化历史提供了宝贵的见解。