《Limnology》:DNA barcoding of the invasive alien aquatic weed Heteranthera reniformis Ruiz and Pavon using chloroplast DNA markers
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为解决基于形态学的物种鉴定可能不准确,且肾形异蕊花(Heteranthera reniformis)分子数据缺乏的问题,研究人员开展了利用叶绿体 DNA 标记对肾形异蕊花进行 DNA 条形码研究。结果显示 matK 和 rbcL 标记扩增和测序成功率均为 100%,与相关物种有较高同源性,该研究对肾形异蕊花的分子研究有重要意义。
在生态系统的大舞台上,外来入侵物种就像一群不速之客,常常给当地的生态环境带来意想不到的麻烦。肾形异蕊花(
Heteranthera reniformis Ruiz and Pavon)便是这样一种来自美洲的水生植物,它 “闯荡” 到了日本,在稻田里肆意生长,凭借着高生物量生产和繁殖能力,不仅影响水质,还让水稻产量大幅下降,最多能减少 70%。而且它极易繁殖,茎段能生根,种子活力持久,在适宜的环境中迅速扩散。
目前,传统的基于形态学的物种鉴定方法在面对肾形异蕊花时困难重重。它和长蕊异蕊花(H. longirachilla)、沼生异蕊花(H. limosa)等植物长相相似,仅靠外观特征很难准确区分,必须要等到开花阶段,观察花朵的特征才能判断,这就给早期的监测和防控工作带来了很大阻碍。同时,关于肾形异蕊花的分子数据非常匮乏,这对于深入了解它的遗传特性、进化关系以及制定有效的管理策略都极为不利。
为了攻克这些难题,来自日本埼玉大学(Saitama University)等研究机构的研究人员展开了一项重要研究。他们的目标是利用 DNA 条形码技术,对肾形异蕊花进行准确的物种鉴定,并与相关物种进行比较分析。研究成果发表在《Limnology》上。
研究人员采用了多种关键技术方法:首先是样本采集,他们在 2021 年 5 月从日本埼玉县川岛的无除草剂稻田中采集了肾形异蕊花样本,并通过形态学特征确认其种类;接着进行 DNA 提取,利用试剂盒从植物的叶和种子中提取总基因组 DNA;然后采用聚合酶链反应(PCR)扩增叶绿体 DNA 标记 matK 和 rbcL;最后对扩增产物进行测序和序列分析。
研究结果主要分为以下几方面:
- 形态特征描述:肾形异蕊花幼苗期叶子窄且呈线性,长大后变成肾形。叶子无柄、互生,叶片宽 10 - 40mm,长 10 - 30mm,宽度通常大于长度,叶柄长 4 - 14cm 且无毛。花为总状花序,有 2 - 8 朵腺花,花长 5 - 10mm,有 6 个白色裂片,中央宽裂片底部有黄色或绿色区域。雄蕊有两种类型,雌蕊白色无毛,蒴果长 0.5 - 1cm,种子有 8 - 14 条纵向翅。
- 序列分析:matK(883bp)和 rbcL(552bp)成功从肾形异蕊花的叶和种子中扩增出来。通过序列比对发现,matK 序列与长叶异蕊花(H. callifolia)的相似度最高,达到 99.52%;rbcL 序列与长叶异蕊花、杜氏异蕊花(H. dubia)等 7 种同科植物的相似度高达 99%。虽然肾形异蕊花与一些近缘物种在形态上有明显差异,但在 rbcL 序列上仍有较高同源性。
研究结论和讨论部分指出,DNA 条形码技术是一种快速且准确的物种鉴定工具,利用 matK 和 rbcL 标记对肾形异蕊花进行 DNA 条形码分析取得了成功。这些序列有助于完善数据库中的核苷酸数据,即使在形态信息不足的情况下,也能在引入地区快速识别该物种。然而,研究也发现,肾形异蕊花与其他相关物种在 matK 和 rbcL 序列上的遗传变异相对较低,寻找一个既能区分所有物种,又能在物种间保持相对轻微变异的最佳基因区域仍然具有挑战性。此外,目前对雨久花科(Pontederiaceae)的分类调整,使得研究更加复杂。未来需要对不同基因座(如 ITS 区域)进行更多测序,并结合当前结果进行分析,从而为肾形异蕊花的物种鉴定和系统发育研究提供更全面的数据。同时,该研究结果也能为未来利用环境 DNA(eDNA)技术早期检测肾形异蕊花提供数据支持,对于预防其扩散、减少对生态系统的破坏具有重要意义。
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