《Journal of Translational Medicine》：Impact of metagenomics next-generation sequencing on etiological diagnosis and early outcomes in sepsis
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为解决脓毒症病原体鉴定困难、传统诊断方式局限性大等问题，研究人员开展了关于宏基因组下一代测序（mNGS）对脓毒症诊断、治疗及预后影响的研究。结果显示 mNGS 检测感染部位样本病原体检出率更高，可改善病因诊断和抗生素治疗，但未提高 28 天生存率，为脓毒症诊疗提供了新依据。
脓毒症，这个隐匿在医疗领域的 “杀手”，时刻威胁着人们的生命健康。它是由宿主对潜在感染的失调反应引发的危及生命的器官功能障碍，在全球范围内，每年都有大量新增病例和相关死亡。传统的微生物检测方法，就像是一把钝刀，在面对脓毒症时，暴露出诸多短板。例如，诊断阳性率低、检测周期漫长，一些特殊病原体难以培养，混合感染的检测更是力不从心。这些问题导致很多患者无法及时获得精准治疗，死亡率居高不下。
为了突破这一困境，来自复旦大学附属中山医院等 19 家国内机构的研究人员展开了一项大规模的多中心前瞻性研究。他们旨在探究宏基因组下一代测序（mNGS）在脓毒症诊疗中的作用与价值，研究成果发表在《Journal of Translational Medicine》上。
研究人员采用了多种关键技术方法。在样本选取方面，以 2020 年 3 月至 2021 年 10 月期间 19 家医院收治的脓毒症成年患者为样本队列，依据 Sepsis-3 标准筛选患者。在检测技术上，常规微生物检测（CMT）采用了培养、涂片显微镜检查、酸 - 快染色等多种方法；mNGS 则使用 Illumina NextSeq 550 平台，对样本核酸进行扩增和测序。在数据分析时，运用逆概率处理加权（IPTW）等统计学方法平衡组间协变量，以确保研究结果的可靠性。
下面来看看具体的研究结果。
- 患者和样本：研究共筛选 1368 名患者，最终 859 名患者入组，分为常规检测组（394 人）和联合检测组（465 人）。联合检测组患者年龄更大，合并症更多，病情更严重。样本类型以呼吸系统样本居多，mNGS 检测周转时间（24.5 小时）明显短于培养（48 小时）。
- 诊断性能：以临床判定的复合参考标准为依据，mNGS 在感染部位样本的病原体检测上，阳性百分比一致性（92.0%）显著高于 CMT（51.1%），但阴性百分比一致性（39.6%）低于 CMT（69.2%）。mNGS 在免疫功能低下患者、低 SOFA 评分患者中优势更明显，且在多种病原体检测上表现优于 CMT。
- 治疗影响：联合检测组中，mNGS 结果促使 136 名患者（29.2%）调整用药，包括升级、降级或同时调整抗菌药物。免疫功能低下患者和无休克患者用药调整更多，腹腔感染患者调整较少。
- 预后效果：28 天死亡率方面，两组无显著差异；7 天死亡率上，联合检测组低于常规检测组。联合检测组患者第 7 天 SOFA 评分下降更显著，APACHE II 评分也有下降趋势，28 天住院无天数和日均住院费用两组无明显差异。
研究结论和讨论部分意义重大。mNGS 检测感染部位样本病原体检出率比 CMT 高 40%，有助于提升病因诊断准确性，指导抗生素精准治疗，改善早期预后。虽然 mNGS 未能提高 28 天生存率，但在 7 天内降低了患者死亡风险。研究还发现，年龄可能影响 mNGS 的预后价值，年轻患者从 mNGS 检测中获益更多。不过，该研究也存在局限性，如非随机设计可能导致偏倚，存在未测量的混杂因素等。未来需要开展更多随机对照试验、精准筛选获益患者的研究，进一步明确 mNGS 在脓毒症诊疗中的地位。这项研究为脓毒症的诊疗提供了新的思路和方向，让人们在对抗脓毒症的道路上迈出了重要一步。
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