综述:急性髓系白血病(AML)中的长链非编码 RNA(lncRNAs):生物标志物、预后指标及治疗潜力

《Cancer Cell International》:Long noncoding RNAs in acute myeloid leukemia: biomarkers, prognostic indicators, and treatment potential

【字体: 时间:2025年04月06日 来源:Cancer Cell International 5.3

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  这篇综述聚焦急性髓系白血病(AML)中的长链非编码 RNA(lncRNAs)。文中阐述了 lncRNAs 在 AML 发生、发展中的作用,可作为诊断、预后的生物标志物及潜在治疗靶点,同时探讨了其面临的挑战,为 AML 研究和治疗提供了新思路。

  

急性髓系白血病与长链非编码 RNA 概述

急性髓系白血病(AML)是一种侵袭性血液癌症,具有细胞遗传学和分子异质性。其死亡率超 80%,60 岁以上患者受影响更显著。遗传突变、表观遗传异常和分子异质性是 AML 发生、发展和复发的关键因素。尽管白血病治疗手段多样,但 AML 的分子异质性和药物疗效、耐药性的不可预测性,使得疾病预后仍不理想。
长链非编码 RNA(lncRNAs)是长度超 200 个核苷酸且不编码蛋白质的 RNA 分子。它们在基因表达调控、维持体内平衡和多种疾病发生中起重要作用,在多种癌症中可作为标志物和肿瘤生长抑制剂。在造血过程中,lncRNAs 参与调节造血基因表达,其失调可能导致造血系统恶性肿瘤。因此,研究 lncRNAs 在 AML 发病机制中的作用,对其作为诊断、预后生物标志物及未来治疗靶点意义重大。

急性髓系白血病的遗传特征

AML 具有显著的遗传异质性,存在染色体数量(超二倍体和亚二倍体)和结构(扩增、易位、插入 / 缺失)异常,同时常伴有表观遗传变化。多种遗传异常导致不同临床路径,影响整体预后。AML 的分子特征包括相对较低的突变负荷,尤其是在编码基因组中。
常见的基因改变涉及转录因子(如 AML1、ETS、PAX5 等)、抑癌基因(如 TP53、RB1 等)、癌基因(如 ABL1、ABL2 等)、B 淋巴细胞分化因子、生长信号通路(如 NRAS、KRAS 等)、染色质重塑因子(如 t (15;17)(PML - RARα)、t (8;21)(AML1 - ETO)等)和表观遗传修饰因子(如 DNMT3A、CREBBP 等)。此外,FLT3、IDH2、NPM1、WT1、CEBPA 和 TP53 等基因的突变是风险分层的因素,特定基因表达模式改变在 AML 诊断和治疗中也至关重要。AML 的关键特征是髓母细胞向成熟髓细胞分化过程受阻,未成熟髓母细胞的存在是疾病诊断标志。

参与髓系造血的 lncRNAs

人类基因组转录组中约 3% 翻译为生物活性蛋白,多数转录基因以 RNA 形式存在,lncRNAs 被定义为无编码潜力的转录本。单个 lncRNA 可通过与蛋白质、DNA 和 RNA 相互作用,在多个层面调控基因表达。
造血干细胞(HSCs)具有自我更新、祖细胞调控扩增和分化为成熟血细胞的能力。研究发现,HSCs 和谱系定向多能祖细胞中存在众多 lncRNAs,且谱系特异性 lncRNA 分子是造血相关基因表达的重要调节因子。许多 lncRNAs 与转录因子(TFs)密切相关,影响造血分化和细胞命运决定。不同 lncRNA 特征与 NPM1、FLT3 - ITD 等相关,且与淋巴细胞激活、炎症和凋亡相关的 microRNAs(miRNAs)和信使 RNAs 表达有关。
研究还发现了多种在正常造血过程中起重要作用的 lncRNAs。例如,lncRNA H19 在长期造血干细胞(LT - HSCs)中高表达,随其分化表达逐渐降低;转移相关肺腺癌转录本 1(MALAT1)在造血细胞早期发育阶段维持其增殖能力;HOXA 转录反义 RNA,髓系特异性 1(HOTAIRM1)参与髓系分化,调控粒细胞发育;与 HOX 基因相关的 HOXBLINC 和 HOTTIP 在调节 HSC 自我更新和谱系定向中起主要作用。

lncRNAs 作为可靠的预后和诊断指标

lncRNAs 在癌症中的重要性日益凸显,为发现新的 AML 致癌基因提供机会,还可作为重要的预后和诊断生物标志物。其表达水平可预测 AML 临床特征和结果。RNA 测序等技术为研究癌症生物学提供了新视角,能深入了解基因组畸变、转录异构体等。新一代测序(NGS)技术特异性和敏感性高,可同时筛选多种癌症中的突变基因,提高实体瘤诊断特异性、预后价值和治疗靶向性。
目前,识别和定量活检中 lncRNA 生物标志物的技术主要包括 RNA 测序、qRT - PCR 和微阵列,但检测方法存在不一致性,如样本类型差异、遗传异质性、疾病进展和个体生物学差异等,影响 lncRNA 表达,导致难以建立标准化诊断或预后阈值。为提高 lncRNA - based 生物标志物可靠性,建议制定标准化样本收集、处理和分析方案,确定合适的内参基因,并开展多中心研究。
多种 lncRNAs 在 AML 诊断和预后中具有重要作用。如启动子的 CDKN1A 反义 DNA 损伤激活 RNA(PANDAR)lncRNA 高表达与 AML 患者完全缓解(CR)率低和预后不良相关,可作为区分 AML 患者和健康个体的诊断生物标志物;HOTAIRM1 高表达与患者总生存期(OS)和无复发生存期降低相关;母系表达基因 3(MEG3)启动子高甲基化与患者 OS 显著降低有关;IGF1R 反义印记非编码 RNA(IRAIN)在 AML 患者中表达降低,可作为预后生物标志物;HOX 反义间插 RNA(HOTAIR)在诊断时高表达,治疗后表达降低,其治疗后表达水平与 OS、无复发生存期相关,可预测复发易感性。

lncRNAs 在 AML 中的作用

lncRNAs 在 AML 中的调控与失调

近年来多项综合表达研究表明,lncRNAs 在 AML 发展中起重要作用,其特定表达谱与 AML 遗传亚型相关,且在 AML 进展中影响众多关键信号通路,可形成具有独立预后能力的特征,用于对 AML 患者进行亚分类。白血病中 lncRNAs 功能多样,是增殖、分化、治疗耐药的关键调节因子,也是有前景的生物标志物和治疗靶点。
AML 中 lncRNA 水平失调由多种因素导致,包括遗传改变、染色体变化和表观遗传修饰。AML 细胞分化受阻与染色体易位和转录因子异常表达有关,lncRNAs 参与多种细胞功能,如影响 DNA 修复途径、维持基因组完整性和通过表观遗传改变调控癌基因和抑癌基因表达。因此,针对 lncRNAs 抑制 AML 细胞异常增殖是有前景的治疗方向。目前,AML 中 lncRNA 研究多为体外研究,对其失调的精确机制和生物学功能了解较少。

多种 lncRNAs 在 AML 中的具体作用

HOTAIRM1 主要在髓系细胞中表达,反义转录自 HOXA 簇,位于 HOXA1 和 HOXA2 基因之间。在正常情况下,其表达限于髓系细胞谱系。研究表明,HOTAIRM1 控制与髓系分化相关的基因表达,如 CD11b 和 CD18,沉默该基因会阻碍全反式维甲酸(ATRA)诱导的粒细胞分化。在 AML 患者中,HOTAIRM1 过表达与中等细胞遗传学风险相关,尤其是 NPM1 基因突变时。HOTAIRM1 在细胞核和细胞质中发挥不同功能,可促进 AML 细胞生长、抑制凋亡,与患者不良预后相关,是潜在的治疗靶点。
尿路上皮癌相关 1(UCA1)lncRNA 可调节 AML 细胞增殖,在体外实验中,它增强细胞活力、迁移和侵袭能力,抑制凋亡途径,在 AML 患者样本中表达升高,通过靶向 miR - 126 激活磷脂酰肌醇 3 - 激酶(PI3K)/ 蛋白激酶 B(AKT)信号通路,促进 AML 细胞增殖,与多种 miRNAs 相互作用,显示其致癌潜力。
核旁斑组装转录本 1(NEAT1)影响 AML 细胞分化,在细胞培养研究中,其下调可被 ATRA 治疗逆转。NEAT1 过表达可诱导原发性 AML 母细胞和 THP - 1 细胞凋亡,抑制增殖。它通过与 miR - 23a - 3p 竞争性结合,调节染色体结构维持蛋白 1α(SMC1A)表达,抑制细胞周期,促进凋亡,还可通过 NEAT1/miR - 338 - 3p 轴抑制 AML 进展,其下调与 AML 发展相关,为治疗提供新靶点。
MEG3 在 AML 中起肿瘤抑制作用,成人初发 AML 患者中 MEG3 高表达与 DFS 和 OS 延长相关,儿童新诊断 AML 患者中其高表达与 OS 增加有关,诱导治疗后 MEG3 高表达与患者 DFS 和 OS 改善相关,可作为预测 AML 患者治疗反应的功能性生物标志物。MEG3 可刺激 p53 转录,还通过下调 DNMT3A 基因抑制白血病发生,其在 AML 耐药中的作用与 MEG3/miR - 155 轴有关。
IRAIN 是源自胰岛素样生长因子 I 型受体(IGF1R)内含子的反义非编码 RNA,白血病细胞中 IRAIN 激活可增强细胞增殖和治疗耐药性,AML 患者中 IRAIN 低表达预后不良,其过表达可抑制肿瘤细胞迁移。
HOTAIR 在多种 AML 细胞系中高表达,体外沉默 HOTAIR 可减少细胞增殖、诱导凋亡和抑制集落形成。它作为多层调节因子和 miRNA 海绵,与 miR - 193a 竞争性结合,影响 c - KIT 表达,还可通过诱导 p15INK4b 启动子的 H3K27 三甲基化抑制其表达,吸引 DNMT3B 增加 HOXA5 启动子甲基化,促进肿瘤发生,沉默 HOTAIR 可在体内诱导 AML 细胞凋亡和抑制增殖。
浆细胞瘤变异易位 1(PVT1)的致癌活性与细胞髓细胞瘤蛋白(c - Myc)密切相关,c - Myc 间接调节 PVT1,约 10% 的 AML 患者存在 8q24.21 区域增加,导致 PVT1 和 MYC 基因功能获得,在细胞遗传学正常且 NPM1 突变的 AML 患者中 PVT1 也上调,其过表达可能触发 AML 细胞系坏死和凋亡,PVT1 和 MYC 的共扩增提示研究 lncRNAs 拷贝数变异与白血病发生的相关性具有重要意义。
RUNX1 重叠 RNA(RUNXOR)源自转录因子 RUNX1 位点,造血依赖于 RUNX1,AML 常与 RUNX1 功能破坏的染色体易位或突变相关。RUNXOR 通过 3′末端与启动子相互作用,促进 RUNX1 表达,参与染色体间长程相互作用,可能与染色体易位和白血病发展有关。
INK4 位点的反义非编码 RNA(ANRIL)在 AML 和其他恶性肿瘤中表达增加,通过抑制脂联素受体 1(AdipoR1)促进 AML 细胞葡萄糖摄取,还可作为 miR - 34 的海绵,破坏其对组蛋白去乙酰化酶 1(HDAC1)的调节,抑制凋亡,促进细胞增殖,在 AML 患者中其表达水平高于健康供者,与 CR 率降低相关。
H19 在恶性和正常造血中均有研究,在造血和 AML 中,它作为 miR - 19a - 3p 和 miR - 29a - 3p 的支架,AML 患者中 H19 高表达与 OS 降低和 CR 率降低相关,敲低 H19 可增加 AML 细胞系凋亡,减少增殖。
结直肠癌差异表达(CRNDE)lncRNA 可控制 AML 细胞生长和分化,在 U937 细胞系和 KG - 1a 细胞中发挥致癌作用,通过调节 miR - 136 - 5p 促进细胞增殖。
结肠癌相关转录本 - 1(CCAT1)是 AML 的 miRNA 海绵,可调节 AML 细胞发育和分化,抑制单核细胞分化,促进 AML 来源的 HL60 细胞增殖,通过降低 miR - 155 水平增加 c - MYC 表达。
癌症易感性候选 15(CASC15)在 AML 患者中表达较高,其增加会导致骨髓中髓系细胞比例增加,降低植入效率,阻碍集落形成,在 RUNX1 异常的 AML 患者中表达更高。
髓系 RNA 调节 BIM 诱导死亡(MORRBID)lncRNA 与白血病复发相关突变有关,其表达与 FLT3ITD 和 TET2 突变相关,通过抑制 BIM 阻止细胞凋亡,导致细胞生长失控,缺失 MORRBID 可增加 BIM 表达,延长小鼠生存期。
卷曲螺旋结构域包含 26(CCDC26)lncRNA 在诊断和复发时表达升高,与年龄、贫血、风险分层和缓解状态相关,高表达患者 OS 降低,可作为风险分层的分子生物标志物。它通过控制 c - KIT 酪氨酸激酶受体表达发挥致癌作用,抑制 CCDC26 可能使白血病细胞在无足够生长因子时存活和增殖,且可能导致 AML 细胞对 ATRA 等抗癌药物产生耐药性。
牛磺酸上调基因 1(TUG1)在 AML 中上调,与多种临床和分子特征相关,可作为预后不良的分子指标,与白细胞计数升高呈正相关。TUG1 作为 miR - 221 - 3p 的诱饵,促进细胞活力,抑制凋亡,AML 患者中 TUG1 高表达与 OS 降低、CR 率降低和总体反应降低相关,在体外过表达可增加细胞增殖,减少凋亡。

lncRNAs 参与 AML 治疗耐药

传统治疗耐药基因研究主要集中于编码蛋白基因,目前研究已扩展到非编码基因组。化疗耐药与不同形式白血病(尤其是 AML)中的 lncRNA 表达正相关。lncRNAs 可通过多种机制影响白血病干细胞(LSCs)的自我更新、静止等特性,导致治疗耐药,包括作为 miRNA 海绵、激活致癌信号通路、介导药物外排、促进 LSCs 自我更新和抑制肿瘤抑制因子等。探索 lncRNAs 在化疗耐药中的作用,对克服 AML 化疗耐药至关重要。
多种 lncRNAs 参与 AML 治疗耐药过程。TUG1 在 AML 细胞有氧糖酵解级联中起作用,通过促进 AKT 信号通路促进肿瘤生长,还可通过促进 miR - 34a 的表观遗传抑制增强对阿霉素(ADR)的耐药性,抑制 TUG1 可增加 ADR 耐药的 HL60 细胞对 ADR 的敏感性。
HOTAIRM1 可使 AML 细胞对多种药物产生耐药性,在糖皮质激素耐药的 AML 细胞和预后不良的患者中表达增加,通过影响 Wnt β - 连环蛋白通路增强对阿糖胞苷(Ara - C)的耐药性,降低其水平可增加 AML 细胞系在 Ara - C 处理后的凋亡率,抑制糖酵解和 Wnt/β - 连环蛋白信号通路。
长链间区非编码 RNA 239(LINC00239)在 AML 患者中上调,通过激活 PI3K/AKT/ 哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)轴促进化疗耐药,抑制阿霉素诱导的细胞凋亡,降低 ADR 在 KG - 1 和 HL - 60 白血病细胞系中的疗效。
UCA1 参与促进化疗耐药,在 Ara - C 和阿霉素治疗后的 AML 患者样本中表达升高,过表达可导致 AML 细胞系对阿霉素耐药,敲低 UCA1 可通过上调 miRNA - 125a 增强化疗敏感性,抑制糖酵解,恢复 ADR 耐药 AML 细胞对化疗的反应性。
沉默 KCNQ1OT1 可减少 ADR 耐药 AML 细胞的增殖、迁移和侵袭,促进 ADR 耐药的 HL - 60 和 K562 AML 细胞系凋亡。
XIST 可促进 AML 对阿霉素的耐药性,它作为 miR - 29a 的支架,减轻对癌基因 MYC 的抑制,敲低 XIST 可增加 AML 细胞系 KG - 1 对阿霉素的敏感性,通过抑制 MYC 促进凋亡。
HOTAIR 高表达与抗白血病药物(阿霉素、伊马替尼)耐药相关,可通过上调 DNMT3b 抑制 PTEN,赋予 AML 细胞对阿霉素的耐药性,参与白血病细胞多药耐药进展,下调 HOTAIR 可能是克服白血病细胞化疗耐药的途径。
MALAT1 在白血病治疗耐药发展中起重要作用,与 AML 中 Ara - C 耐药有关,临床研究表明其表达与 miR - 96 水平呈负相关,抑制 MALAT1 可增强 Ara - C 在 AML 细胞中的疗效,但其促进 Ara - C 耐药的机制尚待阐明。

基于 lncRNA 策略在 AML 治疗结果预测中的未来展望

虽然已识别多种白血病预后因素,但白血病患者风险分层和结果预测仍不理想。由于 lncRNAs 在肿瘤发生和治疗耐药中的重要性,针对 lncRNAs 的癌症疗法不断发展。尽管 lncRNAs 曾被认为是 “不可成药” 靶点,但因其独特表达谱和功能,具有作为治疗靶点的潜力。
目前有多种方法可调节癌症中的 lncRNAs,如使用 CRISPR/Cas9 技术进行转录抑制或上调,利用反义寡核苷酸(ASOs)或小干扰 RNA(siRNAs)进行转录后 lncRNA 降解,通过空间位阻破坏 lncRNA - 蛋白质相互作用,干扰 lncRNAs 二级结构等。高通量测序技术使研究人员能够广泛表征各种癌症中 lncRNA 表达谱,新技术可更准确识别癌症患者循环中低表达 RNA 生物标志物,有助于实现更精确诊断和个性化治疗。
多项研究尝试将 lncRNAs 纳入耐药预测框架,建立了基于 lncRNAs 的预后预测评分,可对老年细胞遗传学正常的 AML 患者进行亚分类。例如,lncRNA KIAA0125 高表达与 AML 患者 CR 率降低、OS 和 DFS 缩短相关;HOTAIR 表达与 AML 患者无复发生存期相关,可预测复发易感性;抑制 HOXAAS2 可减少阿霉素耐药 AML 细胞,诱导细胞死亡;针对 UCA1 的 siRNA 可通过抑制糖酵解逆转 AML 细胞化疗耐药性;敲低 HOTAIR 可阻断 AML<

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