《BMC Genomics》：Genomic insights and epidemiology of mcr-1-Carrying Escherichia albertii isolated from agricultural soil in China
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为解决多粘菌素耐药病原体全球出现，以及阿尔伯特埃希菌（E. albertii）流行病学、耐药性和致病性认知不足的问题，研究人员开展了对携带 mcr-1 基因的E. albertii 6S-65-1 菌株的基因组及全球流行病学研究。结果发现其有独特基因特征和传播风险，这对防控耐药菌传播意义重大。
在医疗领域，多粘菌素曾是对抗多重耐药革兰氏阴性菌感染的 “最后一道防线”，可随着它在兽医和临床的过度使用，多粘菌素耐药病原体在全球范围内不断涌现。其中，移动性粘菌素耐药基因（mcr）的出现和传播，给动物健康、生态环境以及公众健康带来了巨大挑战。阿尔伯特埃希菌作为一种新兴的人畜共患病原体，自 2003 年被发现以来，感染案例在全球呈上升趋势。然而，人们对它的流行病学、抗菌耐药性以及致病潜力了解十分有限。在这样的背景下，浙江中医药大学等机构的研究人员开展了相关研究，旨在深入剖析携带 mcr-1 基因的阿尔伯特埃希菌，该研究成果发表在《BMC Genomics》上。
研究人员为了深入了解携带 mcr-1 基因的阿尔伯特埃希菌，采用了多种关键技术方法。在样本采集方面，从浙江嘉兴 6 个农场的不同来源（农民粪便、动物粪便、环境拭子）收集了 976 个样本。运用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF/MS）、平均核苷酸同一性（ANI）和数字 DNA-DNA 杂交（dDDH）进行菌株鉴定；通过聚合酶链反应（PCR）和 Sanger 测序检测 mcr-1 基因；利用琼脂和肉汤微量稀释法进行抗菌药敏试验；借助牛津纳米孔和 Illumina NovaSeq 平台对菌株进行全基因组测序，并运用多种生物信息学工具分析基因特征、构建系统发育树等。
研究结果如下：
- 菌株鉴定与耐药性：研究人员从 976 个样本中筛选出 96 株携带 mcr-1 基因的菌株，经鉴定发现一株耐粘菌素的阿尔伯特埃希菌 6S-65-1。抗菌药敏试验显示，该菌株对氯霉素耐药，对多粘菌素 B 和粘菌素耐药，对其他多种抗生素敏感。
- 基因组特征：6S-65-1 菌株基因组包含一条环形染色体和两个质粒，GC 含量平均为 49.7%，属于 ST4619 型。其携带 8 种抗菌耐药基因，mcr-1 基因通过复合转座子 Tn6330 整合到染色体的两个不同片段上。
- 全球分布特征：对 NCBI 数据库中 651 株阿尔伯特埃希菌基因组序列分析发现，该菌在亚洲和欧洲分布广泛，中国和英国菌株较多。携带 mcr-1 基因的阿尔伯特埃希菌菌株仅在中国和日本被发现，6S-65-1 菌株与日本一株人源菌株亲缘关系较近。ST4619 型菌株主要来源于瑞士和中国，除 6S-65-1 菌株外，其他 ST4619 型菌株均未携带 mcr-1 基因。
- 毒力评估：血清杀伤试验表明，6S-65-1 菌株在健康人血清中存活率近 100%，显著高于低毒力对照菌株大肠杆菌 ATCC 25922，说明其对血清杀伤有较强抵抗力。
研究结论和讨论部分指出，本研究首次在 ST4619 型阿尔伯特埃希菌中发现 mcr-1 基因，拓展了对环境分离株中 mcr-1 基因的认知。6S-65-1 菌株携带多种耐药基因和毒力基因，具有较强的耐药性和潜在致病性，可能通过土壤、水或食物链传播，对动物和人类健康构成威胁。此外，研究还发现环境监测在追踪抗菌耐药性（AMR）方面至关重要，农业和动物相关环境的定期监测有助于早期发现 AMR 威胁。不过，该研究存在样本量小、研究区域局限等不足，未来需扩大样本规模、拓展研究区域以更好评估携带 mcr-1 基因的阿尔伯特埃希菌的传播风险和全球流行情况。总体而言，这项研究为防控携带 mcr-1 基因的阿尔伯特埃希菌传播提供了重要依据，强调了 “同一健康” 理念在抗菌耐药性管理中的重要性，对保障公共健康具有重要意义。
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