在鸟类的世界里,有一种病毒时刻威胁着它们的健康,那就是禽副黏病毒 1(APMV-1),它所引发的新城疫(Newcastle disease),让众多家禽和野生鸟类深受其害。新城疫具有高发病率和高死亡率,给全球家禽养殖业带来了巨大的经济损失。APMV-1 属于单股负链 RNA 病毒,其基因组包含 6 个基因,根据基因组长度和 F 基因序列可分为 I 类和 II 类,依据 F 蛋白裂解位点的氨基酸序列又能划分不同的致病型。
对 F 基因序列的分析显示,丹麦 I 类病毒的核苷酸序列同源性为 95 - 99.8%,氨基酸序列同源性为 98.2 - 100%;II 类病毒的核苷酸序列同源性为 95.6 - 99.8%,氨基酸序列同源性为 98.7 - 100%。与常见疫苗株相比,丹麦 I 类和 II 类病毒与疫苗株存在明显差异,这表明这些病毒并非来自疫苗的外溢。尽管如此,HI 试验结果显示,丹麦 I 类和 II 类病毒对 LaSota 疫苗抗血清的反应相似,这意味着常用疫苗对这些流行病毒可能仍然有效。
在系统发育分析中,研究人员发现丹麦的病毒存在一定的地域聚集现象,但并没有明显的地理和时间分布模式。而且,丹麦 I 类病毒与芬兰、德国、俄罗斯、中国等多个国家的病毒密切相关,II 类病毒则与英格兰、卢森堡、乌克兰等国家的病毒亲缘关系较近。
在讨论部分,研究人员指出,低致病性的 APMV-1 I 类基因型 1 和 II 类基因型 I 在丹麦已经流行了至少二十年,这些基因型可能已经在丹麦形成了地方性流行。虽然疫苗主要针对高致病性 APMV-1,但低致病性毒株也会在家禽群体中传播,对家禽生产构成威胁,因此研究疫苗对低致病性毒株的有效性同样重要。此次研究发现,丹麦 I 类和 II 类病毒的 F 基因受到负选择或中性选择,这进一步证明了这些病毒的 F 基因具有遗传稳定性,与疫苗的兼容性较好。