香港土壤中抗草甘膦假单胞菌RYYT.1b的全基因组测序及代谢通路解析

　　来自香港的研究人员通过混合组装技术完成了抗草甘膦菌株Pseudomonas asiatica RYYT.1b的全基因组测序（6,102,102 bp，GC含量63.02%），揭示了其磷酸盐溶解和草甘膦降解相关基因簇（如pqqFABCDE、phnA-E等），为农业污染修复和工业生物合成提供了新的微生物资源。

　　

科学家们从香港薄扶林地区（坐标22.2652601N, 114.1299767E）的土壤中分离出一株抗除草剂草甘膦（glyphosate）的细菌——Pseudomonas asiatica RYYT.1b。这株革兰氏阴性菌属于Pseudomonas putida类群，不仅能在含2%草甘膦的培养基中生长，还具备磷酸盐溶解能力。

研究团队采用混合测序策略：先用Illumina NovaSeq 6000平台获得754Mbp短读长数据（250bp读长），再通过纳米孔MinION测序仪获取748.1Mbp长读长数据（N50达11,245bp）。利用Unicycler软件组装出单条环状染色体，经CheckM评估显示基因组完整度100%，污染率仅0.35%。

基因注释发现多个关键代谢系统：
• 吡咯喹啉醌（PQQ）合成基因簇pqqFABCDE
• 葡萄糖脱氢酶基因gcd（EC 1.1.5.2）
• 磷酸盐转运系统pstSCAB和调控基因phoBRU
• 膦酸酯降解基因phnA-E
• 两套肌氨酸氧化酶基因soxBDAG

特别值得注意的是，该菌株含有三套葡萄糖酸脱氢酶基因（gadh1-3），与已报道的植物促生菌JP233相似。这些发现为开发新型生物修复剂提供了分子基础，也为理解微生物抗除草剂机制开辟了新视角。