羊源肺炎克雷伯氏菌KPHN001的全基因组测序和比较基因组分析

　　 摘要: 【背景】肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)是一种革兰氏阴性杆菌，能够引发人类和动物呼吸道感染、尿路感染和败血症等

　　 摘要:

【背景】肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)是一种革兰氏阴性杆菌，能够引发人类和动物呼吸道感染、尿路感染和败血症等。本实验室前期在海南黑山羊的患病羔羊中分离鉴定出一株肺炎克雷伯氏菌，命名为菌株KPHN001。【目的】扩充肺炎克雷伯氏菌的基因组数据库信息，明确菌株KPHN001的遗传进化关系。【方法】采用第3代Oxford Nanopore Technologies (ONT)和第2代Illumina两种测序技术相结合的方式，通过全基因组测序和比较基因组学来对菌株进行基因功能注释和生物信息学分析，并利用PCR技术验证测序结果。【结果】菌株KPHN001全基因组大小为5 470 968 bp，G+C含量为56.66%，预测到的编码基因有5 135个，包含25个rRNA、86个tRNA基因和58个sRNA；含14个基因岛、3个前噬菌体；在KEGG和COG数据库中分别注释3 321和4 075个基因，根据分析结果绘制该菌株的全基因组圈图。比较基因组分析发现该菌株与菌株HS11286进化关系最接近。本研究还对选取的相关耐药基因进行了PCR检测，成功筛选出4个耐药基因，分别为SHV-11、H-NS、FosA和MdtQ。这些基因的存在表明该菌株具有多重耐药性。【结论】通过全基因组和比较基因组学分析，揭示了菌株KPHN001的遗传信息。同时，通过比较不同菌株之间的差异，为肺炎克雷伯氏菌的鉴定和临床防治奠定了遗传学基础。