山金柑GATA基因家族全基因组鉴定及在果实发育中的表达分析

　　 摘要： 目的 探究GATA转录因子基因家族在山金柑果实发育中的调控作用

　　

摘要：

目的 探究GATA转录因子基因家族在山金柑果实发育中的调控作用。 方法 采用生物信息学方法，对其山金柑GATA转录因子基因家族进行全基因组鉴定，并结合转录组数据和RT-qPCR，对其理化性质、基因结构、系统发育树和表达模式进行分析。 结果 在山金柑中共鉴定到26个FhGATAs，不均匀分布在9条染色体上；理化性质分析表明，该家族蛋白都位于细胞核中，分子量在18 019.89-60 342.13 Da范围，属于亲水性蛋白，pI介于4.62-10.33；与拟南芥同源基因进行聚类分析，FhGATA基因家族可分为4个亚家族，同一个亚家族的基序组成和分布模式相似，其中Subfamily Ⅲ亚家族的一些基因在进化过程中缺失；共线性分析表明，山金柑中存在7个共线FhGATAs基因，拟南芥中有24个AtGATAs基因与FhGATAs基因同源，甜橙中有33个CsGATAs基因与FhGATAs基因同源；FhGATA基因的转录调控机制包含光响应和光的反应性元件，以及各种激素反应、胁迫反应和生长发育相关元件；组织表达分析显示，FhGATA基因家族的4个亚家族在根、茎、叶、花、果实和种子中表现不同程度的特异性表达，其中FhGATA24、FhGATA22、FhGATA26、FhGATA18、FhGATA12和FhGATA5在果实中高表达；进一步RT-qPCR分析表明，FhGATA基因与山金柑的单果重和横纵径密切相关，其中FhGATA22和FhGATA18在大果和小果山金柑的果实发育全过程均存在显著差异。 结论 山金柑含有26个FhGATAs基因，其中FhGATA22和FhGATA18可能是介导山金柑果实大小的调控因子。