短柄白黄侧耳CCMSSC 04611基因组特异性分析

　　 摘要： 目的 白黄侧耳菌株CCMSSC 04611菌柄短粗，质地硬，菌盖颜色深，但其菌柄短的分子机制尚不清楚，对其进行全基因组测序组装，并与长柄白黄侧耳基因组进行比较，分析其基因组构成、遗传变异及短柄形成的原因

　　

摘要：

目的 白黄侧耳菌株CCMSSC 04611菌柄短粗，质地硬，菌盖颜色深，但其菌柄短的分子机制尚不清楚，对其进行全基因组测序组装，并与长柄白黄侧耳基因组进行比较，分析其基因组构成、遗传变异及短柄形成的原因。 方法 提取白黄侧耳CCMSSC 04611的基因组DNA，通过对其形态特征及利用二代Illumina测序平台和三代pacbio测序平台进行基因组测序、组装和注释分析，比较其与长柄白黄侧耳基因组的差异。 结果 CCMSSC 04611二代测序获得原始测序数据为8.3 Gb，过滤掉低质量序列后约为8.29 Gb纯净数据，三代测序和组装获得7.42 Gb原始数据，过滤掉低质量序列后约为7.416 Gb纯净数据，基因组GC含量为50.85%，gap数量为0；二代和三代测序联合组装后，共获得23个1 kb以上的contig，总长度为34 635 218 bp。用二代测序数据回比率和BUSCO评估对基因组组装质量进行评价，证实基因组组装结果比较可靠。预测获得的编码基因功能注释显示，共9 999个基因被注释，其中GO和KEGG数据库中分别注释到6 331和3 052个基因。与白黄侧耳CCMSSC 00406基因组比较，两者共有基因家族数量占比均达到98.33%以上；共有功能基因数占比高于83.97%；CCMSSC 04611中特有基因家族数量为124个，特有功能基因数为1 618个，并且这些基因富集在细胞组分、催化活性、转录因子、蛋白质合成、MAPK信号转导等生物学过程中。 结论 利用Illumina测序平台和pacbio revio测序平台测序获得高质量的CCMSSC 04611基因组参考数据，发现其与长柄白黄侧耳CCMSSC 00406基因组存在特有差异基因，为进一步研究CCMSSC 04611的短柄形成的分子机制奠定了理论基础。