泰国基孔肯雅病毒（2020–2023）：流行病学、临床特征与基因组演化研究

　　本综述系统总结了2020–2023年泰国基孔肯雅病毒（CHIKV）的流行趋势、临床特征与分子进化机制。研究发现CHIKV感染率在≥56岁人群中最高（62.1%），临床表现为年龄特异性（儿童皮疹率高，成人关节痛突出），病毒载量与皮疹呈负相关。基因组分析显示流行株属ECSA-IOL谱系，携带E1-K211E/E2-V264A突变，可能于2016–2017年从印度次大陆传入。研究为区域监测、诊断优化及精准防控提供了关键数据支撑。

　　

引言

基孔肯雅病毒（CHIKV）是一种通过伊蚊（主要是埃及伊蚊和白纹伊蚊）传播的甲病毒属病原体，属于披膜病毒科。其引起的急性发热性疾病与登革热、寨卡病毒感染症状高度重叠，导致临床诊断困难。尽管病死率较低，但CHIKV感染可能导致慢性致残性关节症状，并偶发心血管、神经、肾脏等多系统重症表现。目前尚无特异性抗病毒药物，疫苗应用仍有限。

CHIKV在系统进化上分为三大基因型：西非型、亚洲型和东/中/南非型（ECSA）。其中ECSA基因型下的印度洋谱系（ECSA-IOL）于2004年在肯尼亚出现后，迅速扩散至印度洋群岛、南亚、东南亚及欧洲地区。泰国自1958年报告首例病例后，曾发生多次疫情，最严重的2008–2009年疫情导致超过5万例感染。2018年起，CHIKV再度活跃，2018–2020年间全国累计报告约2.8万例确诊病例。

尽管已有部分研究探讨CHIKV在泰国的流行状况，但多数工作局限于单一维度分析，缺乏整合流行病学、临床表现与病毒遗传进化的大型系统研究。尤其在COVID-19流行期间及后期，CHIKV的传播动态、临床特征和病毒变异规律尚未明确。本研究旨在填补这一空白，系统评估2020–2023年间泰国CHIKV感染的流行率、临床特点及病毒基因进化特征。

材料与方法

伦理声明

本研究经朱拉隆功大学医学院伦理委员会批准（批号：IRB710/64）。因所有患者标识符均已匿名化处理，豁免知情同意，研究过程符合《赫尔辛基宣言》。

样本来源

2020年3月至2023年12月期间，共收集1264份血清样本，来源为疑似CHIKV感染就诊患者。疑似病例定义为体温≥38.5℃、伴或不伴关节痛的急性发热患者，且居住地或旅行史涉及CHIKV流行区。样本来自泰国中部（曼谷、沙没巴干、沙没沙空）、东部（春武里）和东北部（素林）5个省的14家合作医院。

实验室检测

采用实时荧光定量RT-PCR（RT-qPCR）检测CHIKV RNA，引物和探针针对非结构蛋白4（nsP4）基因保守区。同时使用荧光免疫分析法（FIA）检测CHIKV特异性IgM和IgG抗体。所有样本均同步筛查登革病毒（DENV）和寨卡病毒（ZIKV）RNA，排除共感染情况。

病毒载量定量

通过构建标准曲线，基于nsP4基因转录RNA的十倍梯度稀释系列（10¹–10¹⁰ copies/mL）定量血清病毒RNA载量，结果以log₁₀ copies/mL表示。

基因组测序与进化分析

对38株Ct值＜30、具时空代表性的毒株进行全基因组测序。使用Illumina MiSeq平台进行测序，经质量控制、序列拼接和参考序列比对后，获得11,238 nt的全编码区序列。采用最大似然法和贝叶斯联合分析构建系统进化树，评估病毒分歧时间及进化速率。

数据分析

分类变量以频数和百分比表示，连续变量以中位数（四分位距）描述。组间比较使用卡方检验、t检验或Logistic回归，校正错误发现率（FDR）进行多重比较检验。统计显著性设定为FDR＜0.05。

结果

流行趋势

2020–2023年间，泰国CHIKV发病率呈现明显波动。2020年发病率为17.07/10万，2021年骤降至1.01/10万，2022–2023年逐步回升至2.25/10万，与COVID-19防控措施执行与放松高度相关。本研究样本中CHIKV确诊率为50.5%（638/1264），无境外输入病例报告。

实验室检测特征

RT-PCR在发病1–4天内阳性率超90%，5天后显著下降；IgM抗体在发病第5天后开始上升，第6天起反超RT-PCR阳性率，第10天超过90%。IgG抗体在发病10天后才显著上升。提示联合分子与血清学检测可优化不同病程阶段的诊断效能。

人口学与临床特征

CHIKV感染无性别差异（p = 0.667），中位年龄39岁。感染率随年龄增长而上升，≥56岁人群感染率最高（62.1%），26–35岁最低（39.6%）。发热为最常见症状（91.8%），但无感染特异性；肌痛（63.0%）、关节痛（58.0%）、皮疹（43.1%）和结膜炎（9.1%）与CHIKV感染显著相关（p < 0.001）。

年龄分层分析显示显著的症状差异：发热在≤15岁组达100%，在36–45岁和46–55岁组分别为86.8%和88.2%（p = 0.005）；皮疹在儿童中最高（54.8%），随年龄增长递减，≥56岁组仅26.3%（p < 0.001）；关节痛和肌痛则主要见于成人群体（p < 0.001）。

病毒载量与症状关联

发病第1–2天病毒载量最高（8.32–8.56 log₁₀ copies/mL），之后逐日下降。多因素分析显示，皮疹与较低病毒载量独立相关（aOR = 0.72；p < 0.001），发热与较高病毒载量相关（aOR = 1.54；p = 0.016）。关节痛与年龄增大（aOR = 1.13；p = 0.021）和发病时间延后（aOR = 1.14；p = 0.045）显著相关。

基因组进化分析

2020–2023年泰国流行株均属于ECSA-IOL谱系，与2018–2019年泰国毒株及马来西亚、柬埔寨同期毒株核苷酸同源性达99.5–99.9%。与2008–2013年泰国流行株（携带E1-A226V、nsP2-L539S和E2-K252Q突变）不同，当前流行株均带有E1-K211E和E2-V264A替代，并保留E1-226A位点。

分子钟分析表明，当前流行谱系可能于2016–2017年间自印度次传入泰国，进而引发2018–2020年大流行并持续传播至今。毒株中还发现nsP1-I290V、nsP3-H217Y、E1-V4A和6K-S60N等突变，其中部分突变在2022–2023年毒株中达到100%存在率，提示潜在适应性进化。

讨论

本研究首次系统整合了COVID-19 pandemic期间泰国CHIKV的流行病学、临床与病毒基因组数据，揭示了严格的防控措施可能间接抑制CHIKV传播，但也导致2021年监测数据低估。发病率的快速回升表明CHIKV在泰国已成为地方性流行疾病，需持续加强监测和防控。

临床症状的年龄差异突出：儿童更易出现皮疹且病毒载量较低，成人则以关节痛和肌痛为主，且与病毒载量和病程时间相关。这一发现支持在临床诊断和患者管理中开展年龄分层策略。

病毒进化分析表明，当前流行株并非由2008–2009年毒株进化而来，而是源于印度次大陆的新引入谱系。E1-K211E和E2-V264A突变可能与病毒对埃及伊蚊的适应性增强有关，这解释了为何近年疫情主要发生在城市地区（埃及伊蚊主要分布区），而不同于以往以农村和白纹伊蚊为主的疫情模式。

尽管本研究未开展媒介调查，不能直接证实突变–媒介适应性关联，但基因组数据结合地区蚊媒分布知识，仍可为针对性防控提供方向：城市地区应重点控制埃及伊蚊，农村地区需兼顾白纹伊蚊治理。

此外，泰国毒株与柬埔寨、马来西亚等邻国毒株高度同源，提示存在频繁的跨境传播。呼吁建立区域联合监测网络，共享基因组与流行病学数据，以协同应对CHIKV的跨国界传播威胁。

本研究的局限性包括基因组测序覆盖率较低、缺乏合并症信息、未开展纵向样本采集等。未来需结合宿主免疫应答、媒介生态学等多维度数据，更全面揭示CHIKV传播与致病机制。

结论

2020–2023年间，泰国CHIKV持续流行，发病率随COVID-19管控政策波动。感染多见于老年人，临床表现具年龄特异性。病毒进化分析揭示流行株属于ECSA-IOL谱系，可能于2016–2017年自印度传入，携带E1-K211E、E2-V264A等与埃及伊蚊适应性相关突变。研究结果强调需建立整合临床症状、病毒载量监测与基因分型的多层次 surveillance 体系，以提升区域CHIKV防控能力。