靶向HMPV关键蛋白的海洋生物活性分子抗病毒机制：基于机器学习的整合性计算机模拟研究

　　本研究采用整合计算机模拟策略（ADME分析、HTVS、SP/XP分子对接、DFT计算及100 ns分子动力学模拟），筛选海洋天然产物库（CMNPD），发现靶向HMPV融合糖蛋白（F蛋白）、RNA依赖性RNA聚合酶（RdRp）及核蛋白-RNA复合体（N-RNA）的先导化合物（如CMPD40601、CMPD20129和CMPD46444），为开发抗呼吸道病毒感染的新型海洋源抑制剂提供理论依据。

　　

数据收集

从CMNPD数据库中收集约46367个海洋源生物活性分子，并将其转换为优化后的标准格式以供进一步分析。

ADME性质预测

使用Qikprop工具评估海洋化合物库的药代动力学和理化性质。分子量影响药物穿越生物膜的能力：分子量低于500 Da的化合物表现出更好的吸收和分布特性。

讨论

针对所有三个靶点，先导化合物的筛选采用多标准框架，整合了对接得分、高频或功能关键残基的参与度、氢键网络几何结构、ADME性质及分子动力学（MD）稳定性。虽然对接能量提供初步排序，但最终优先级强调与已知贡献于结合稳定性的口袋定义残基的一致性。对于N-RNA复合体，……

CRediT作者贡献声明

Suresh Kumar Krishnan： 撰写-审阅与编辑、监督、概念化。

Parasuraman Pavadai： 撰写-审阅与编辑、监督、调查。

Kartiga Natarajan： 撰写-初稿。

Kiruthiga Natarajan： 撰写-审阅与编辑、监督、方法论、概念化。

Stalin Arulsamy： 撰写-初稿、调查、数据整理、概念化。

Mohankumar Ramar： 撰写-审阅与编辑。

数据与材料可用性

支持本研究结果的数据可在文章及其补充材料中获取。

资助声明

作者未获得本研究的研究、撰写及出版财务支持。

利益冲突声明

作者声明无利益冲突。

致谢

作者感谢KMCH药学院主席Dr. Nalla G Palaniswami及管理受托人Dr. Thavamani D Palaniswami为研究完成提供必要设施。

作者亦感谢M.S. Ramaiah应用科学大学（印度班加罗尔）管理方对研究开展的支持。