人结直肠癌来源Slackia exigua SB208菌株完整基因组解析及其临床意义

　　来自美国研究机构的研究人员报道了从初治结直肠癌患者肿瘤组织中分离的Slackia exigua SB208菌株的完整基因组序列。该研究通过PacBio单分子实时测序技术获得长度1.99Mb、GC含量62.5%的环状染色体，鉴定出CRISPR-Cas系统、II型限制修饰系统及抗生素耐药基因（nimI/vanT），为探究该菌在癌症微环境中的作用机制提供了重要资源。

　　

研究人员成功解析了从初治结直肠癌患者肿瘤组织分离的苛求厌氧菌——Slackia exigua（原名Eubacterium exiguum）SB208菌株完整基因组。该革兰阳性非孢子形成杆菌的基因组为单条环状染色体，全长1,987,822碱基对，鸟嘌呤-胞嘧啶(GC)含量达62.5%。

通过PacBio Sequel I平台进行单分子实时测序(SMRT)，获得平均覆盖深度1,938×的高质量序列。经GTDB-tk(v.2.3.2)分类学鉴定和平均核苷酸一致性(ANI)分析，显示与分离自导尿液的UMB0191菌株相似度最高（99.39%）。

NCBI原核基因组注释管道(PGAP)预测该基因组含1,758个基因，包括1,699个编码序列和59个RNA基因。特别值得注意的是：

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  鉴定出CRISPR-Cas系统（通过PGAP和PADLOC验证）

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  预测存在II型限制修饰系统（PADLOC）

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  REBASE甲基组分析发现AGTA^m4CT修饰基序

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  检出5-硝基咪唑耐药基因nimI和糖肽类耐药基因vanT（通过耐药基因标识符RGI与CARD数据库比对）

该菌株分离采用苛刻厌氧培养技术（Fastidious Anaerobic Agar加10%马血，37°C厌氧培养72小时），16S rRNA测序显示与模式菌株ATCC 700122相似度96.72%。目前NCBI仅收录11个Slackia exigua基因组，本次发布的完整基因组是首个来自癌症生态位的高质量组装，为研究该菌在结直肠癌发生发展中的作用提供了关键资源。

研究获得美国国立卫生研究院（NIDCR R01 DE027850、NCI R01 CA288827/R01 CA290034）、华盛顿研究基金会博士后基金及弗雷德哈钦森癌症中心/MD安德森癌症中心启动资金支持。