糖尿病足感染源耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）63-2498菌株完整基因组解析

　　本研究报道了从糖尿病足感染患者中分离得到的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）菌株63-2498的完整基因组序列。研究人员采用PacBio HiFi长读长与Illumina短读长测序相结合的混合策略，成功组装出大小为2.82 Mbp的基因组，包含一条染色体和三个质粒，共预测有2663个编码序列，为深入理解该致病菌的遗传背景及耐药机制提供了重要资源。

　　

糖尿病足部感染是糖尿病患者常见且治疗成本高昂的并发症，多为多种微生物混合感染，其中金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）是最常被分离出的病原体之一。复杂的感染病因常导致治疗困难，加剧多重耐药性发展和下肢截肢风险。

本研究公布了从糖尿病患者的足跟伤口中分离出的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus, MRSA）菌株63-2498的完整基因组。该菌株于2017年由SA Pathology（澳大利亚阿德莱德）分离，并在后续研究中表现出在小鼠糖尿病伤口模型中的强毒力和甲氧西林耐药性。

研究人员采用混合测序策略：PacBio Revio平台产生HiFi长读长数据（覆盖度约530×），Illumina NextSeq 550平台产生短读长数据（覆盖度约89×）。通过Hifiasm、Hybracter、Flye和Plassembler等工具进行组装与质粒回收，再经Medaka、Polypolish和Pypolca进行抛光优化，最终获得包括一条染色体和三个质粒的完整环状基因组。

该染色体大小为2,778,331 bp，GC含量32.81%，携带2619个编码序列（CDS）、16个rRNA和59个tRNA。共鉴定出大量毒力基因（如cap8基因簇、clfB、fnbA、ica操纵子等）和多个耐药基因（包括mecA、blaZ、ermC等）。三个质粒大小分别为35,402 bp、3,011 bp和2,473 bp，其中p63-2498_3携带ermC耐药基因。

该基因组经CheckM评估显示完整性达98.62%，污染率仅0.24%。多位点序列分型（MLST）鉴定为ST22型。所有序列已提交GenBank，登录号分别为CP157001（染色体）、CP157002–CP157004（质粒）。

本研究为理解MRSA在糖尿病足感染中的致病与耐药机制提供了高质量基因组资源，对后续病原生物学研究和临床治疗策略开发具有重要价值。