综述：传染病基因组学网络：促进和协调澳大利亚公共卫生病原体基因组学的实施

　　本综述系统阐述了澳大利亚传染病基因组学网络（CDGN）的建立与发展，该网络通过协调全国公共卫生实验室资源，推动病原体全基因组测序（WGS）技术在传染病监测、疫情响应及抗菌素耐药性（AMR）研究等领域的标准化应用，为联邦制国家提供了可推广的协同模型。

　　

引言

病原体全基因组测序（病原体基因组学）通过快速精准的病原体特征分析，显著提升了传染病监测、暴发调查及新发威胁应对能力。国际实践表明，整合基因组数据与多源信息可支持从地方到全球层面的公共卫生决策。然而，实现技术潜力需依托公共卫生实验室主导的标准化实施框架，涵盖数据分析、共享与报告流程的协同机制。澳大利亚作为联邦制国家，其公共卫生体系存在州/地区间数据治理与能力差异，亟需全国性协调机制以整合基因组学资源。

国家协同机制的需求

近十年间，基因组学技术已在食源性疾病、抗菌素耐药性（AMR）病原体、性传播感染及虫媒疾病等领域验证其价值。2015年时，澳大利亚仅3个州/地区具备WGS能力，多数依赖外部送检，且缺乏标准化分析流程与全国性协调，导致监测效率不均与数据整合障碍。

CDGN的建立路径

2015年，澳大利亚公共卫生实验室联合发起CDGN，并于2016年签署合作备忘录，获得联邦卫生与老龄部支持开展全国基因组学路线图规划。该路线图明确需建立中央协调机制，标准化实验室流程、数据治理及人员培训。通过“自上而下”（政府支持）与“自下而上”（实验室倡议）结合的策略，CDGN于2018年正式成为公共卫生实验室网络（PHLN）旗下的专家参考小组，向澳大利亚健康保护委员会报告。

网络治理与职责

CDGN由全国公共卫生实验室、临床微生物学家、生物信息学家及政策制定者组成，涵盖澳大利亚所有辖区及新西兰合作实验室。其核心使命包括：推动基因组学应用标准化、促进数据与知识共享、作为统一协调机制与政府及利益相关方合作。网络通过年度工作计划、月度会议及专项工作组（如针对沙门氏菌、结核分枝杆菌或新发病原体）推进实施。

运营框架与里程碑

CDGN通过试点项目验证优先病原体（如李斯特菌、沙门氏菌、结核分枝杆菌等）的基因组监测可行性，开发数据共享协议并构建国家级基因组数据平台（AusTrakka）。COVID-19疫情期间，CDGN迅速组建工作组支持全国SARS-CoV-2测序与实时数据分析，后续扩展至猴痘（Mpox）及日本脑炎病毒（JEV）响应。此外，CDGN主导澳大利亚病原体基因组计划（AusPathoGen），推动转化研究项目，并参与制定国家微生物基因组框架及政策文件（如结核病、废水监测指南）。

人才培养与挑战

CDGN通过跨实验室培训、基因组学系列研讨会及公开资源库提升 workforce 能力。挑战包括早期资源依赖自愿参与、联邦制下资金协调困难及数据共享协议的复杂性。通过转化研究资助与AusTrakka平台推广，CDGN正推动病原体无关的数据治理框架。

建议与展望

CDGN的成功基于明确目标、开放成员机制、国家公共卫生结构嵌入、协作机会及专项协调支持。未来可探索多部门扩展、高级培训项目及研究协同。该模型为联邦制国家提供了可复制的协同范例，强调实验室驱动、开放合作及国家结构整合的核心价值。

结论

CDGN通过全国协同模型显著推进了澳大利亚公共卫生基因组学标准化实施， harmonizing 数据共享与治理流程，并培育专业队伍。其经验凸显了实验室主导倡议、国家委员会结构嵌入及持续资金支持对技术转化的重要性，为国际类似体系提供参考。