孟加拉国布里甘加河沉积物来源鼠伤寒沙门氏菌K79株的全基因组解析及耐药与毒力特征研究

　　本研究由来自孟加拉国的科研团队完成，针对严重污染的布里甘加河沉积物中分离出的鼠伤寒沙门氏菌（Salmonella enterica ser. Typhimurium）K79菌株，开展全基因组测序与功能注释分析。研究揭示了该菌株携带26种抗生素抗性基因（包括aac(6′)-Iaa等）及多种毒力因子，为理解环境源耐药菌传播机制及“One Health”策略实施提供关键数据支持。

　　

研究人员从孟加拉国布里甘加河流域科拉莫拉码头（坐标：23.7154° N，90.3609° E）的沉积物中分离出一株鼠伤寒沙门氏菌（Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium）K79，并通过全基因组测序揭示了其完整的遗传特征。该菌株基因组大小为4,825,269 bp，包含4,897个编码序列（CDS），其中594个为假设蛋白。

利用Illumina MiniSeq平台进行测序，获得21,601,3400条读长，覆盖度为22.5倍。经SPAdes组装和Multi-CSAR支架构建后，通过CheckM评估显示基因组完整度为100%。注释工作借助RASTtk（BV-BRC平台）完成，并通过KmerFinder和MLST 2.0工具确认菌株分类。

值得注意的是，K79菌株携带26个抗生素抗性基因，包括获得性氨基糖苷类抗性基因aac(6′)-Iaa。此外，该菌株具有1,208个致病基因家族，被预测为人类病原体的概率达93.7%。其毒力因子包括菌毛黏附决定簇（如Fim、Csg、Bcf、Lpf等）、非菌毛黏附因子（misL、ratB、shdA、sinH）、镁离子摄取系统（mgtB、mgtC）以及调控系统（phoP/phoQ）。同时，基因组中还鉴定出沙门氏菌致病性岛1和2（SPI-1和SPI-2）编码的三型分泌系统（T3SS）。

该研究强调了环境污染与病原体进化之间的关联，为抗生素耐药性传播机制及“One Health”策略提供了重要的基因组学依据。