土耳其结直肠癌患者基因组特征解析：NGS技术揭示遗传性癌症综合征新变异

　　本研究利用TruSight Cancer与Qiaseq多基因panel，通过NGS技术对23例土耳其遗传性结直肠癌（CRC）家系进行胚系变异筛查，鉴定出10个致病/可能致病性变异（含5个新变异）及13个意义不明变异（VUS），涉及MLH1、MSH6、PMS2、APC等关键基因，为遗传性CRC综合征的分子诊断与家系管理提供重要依据。

　　

结直肠癌（Colorectal Cancer, CRC）是全球第三大常见癌症，也是癌症相关死亡的第二大原因，预计到2030年，全球新增病例将超过220万，死亡人数达110万。在土耳其，CRC是男性第三常见、女性第二常见的癌症，年发病率约7/10万，每年新增约5000例病例并导致3200人死亡。遗传因素在CRC发病中扮演重要角色，约5-10%的病例与遗传性易感综合征相关，其中林奇综合征（Lynch Syndrome, LS）、家族性腺瘤性息肉病（Familial Adenomatous Polyposis, FAP）和MUTYH相关息肉病（MUTYH-Associated Polyposis, MAP）是较为明确的遗传性综合征。然而，仍有部分患者具有明显的家族史或临床特征，却未能通过常规检测明确遗传病因。随着下一代测序（Next-Generation Sequencing, NGS）技术的发展，多基因panel检测为全面筛查癌症易感基因提供了有效手段，但也带来了意义不明变异（Variants of Uncertain Significance, VUS）解读的挑战。

在此背景下，由Marwa Mahdouani等人开展的研究，旨在利用NGS技术探究23个土耳其CRC家系的遗传病因，鉴定与遗传性CRC相关的胚系致病性变异（germline Pathogenic Variants, gPV）和VUS，并为临床诊断和家系管理提供依据。该研究发表在《Hereditary Cancer in Clinical Practice》2025年第23卷第21期。

研究人员主要采用了以下关键技术方法：从2019年至2022年间的54例患者中筛选出23例具有个人或家族性CRC或息肉病史的土耳其患者，采集外周血样本并使用EZ1 DNA Investigator Kit提取基因组DNA；采用Illumina的TruSight? Cancer Sequencing Panel（94基因）和Qiagen的Qiaseq Targeted DNA Panel（93基因）进行目标区域捕获和文库构建，在Illumina NextSeq平台上进行NGS测序；使用Genomize Seq软件进行生物信息学分析、变异注释和筛选，利用Sanger测序验证所有变异，并在可用家系中进行共分离分析；依据ACMG指南和多个数据库（如ClinVar、HGMD、LOVD）以及计算预测工具（PolyPhen-2、SIFT等）对变异进行致病性分类。

研究结果部分，包括以下主要内容：

患者与变异概况：

研究共纳入23例无关患者，平均诊断年龄55岁（范围25-78岁），包括10名男性和13名女性。共鉴定出23个变异，其中10个为致病或可能致病性变异（含5个新变异），13个为VUS（含5个新变异）。所有变异均为杂合状态。

林奇综合征患者的分子分析：

4例符合Bethesda II标准的LS患者中，发现MLH1基因的p.(Thr117Met)和p.(Thr82Ala)已知致病变异，以及PMS2基因新致病无义变异p.(Lys433Ter)和MSH6基因新致病移码变异p.(Phe726SerfsTer10)。这些患者CRC诊断平均年龄为49岁。

息肉病患者的分子分析：

2例多发性息肉患者携带APC基因已知致病无义变异p.(Arg213Ter)和p.(Arg232Ter)，确诊为FAP；1例MAP患者携带MUTYH基因VUS p.(Ile223Val)。

其他遗传性CRC易感综合征分析：

发现FANCC基因新可能致病剪接位点变异c.897-1G>T（与家族性结肠和胰腺癌相关）、CHEK2基因可能致病错义变异p.(Leu183Phe)（与家族性结肠癌相关）、ATM基因新可能致病剪接变异c.6808-1G>A（与结肠癌手术史相关）以及MUC16基因新可能致病移码变异p.(Thr12509ProfsTer47)（与结肠癌相关）。

意义不明变异（VUS）的鉴定：

在13例患者中发现VUS，涉及ATR、XRCC3、ATM、SYNE1、ERBB2、PALB2、RAD51D、NF1、ABRAXAS1、FGFR1和CHEK2等基因。例如，ATR基因剪接变异c.1732+4A>G与家族性乳腺癌和结肠癌相关，XRCC3错义变异c.964 C>T与乙状结肠腺癌和大息肉相关，这些VUS需进一步功能验证以明确其临床意义。

研究结论与讨论部分强调，该研究通过NGS多基因panel检测成功揭示了土耳其CRC患者中与遗传性综合征相关的gPV和VUS，包括LS、FAP、MAP以及其他涉及FANCC、CHEK2、ATM和MUC16基因的易感因素。多数致病性变异集中于错配修复（Mismatch Repair, MMR）基因（MLH1、MSH6、PMS2）和APC基因，与既往研究一致。此外，鉴定出的VUS多集中于DNA修复基因（DNA Repair Genes, DRGs），虽然其在CRC中的角色尚不明确，但可能与肿瘤发生相关。研究凸显了NGS在提升遗传性CRC诊断率方面的价值，同时指出VUS解读仍需依赖功能实验和公共数据库共享。这些发现为土耳其人群的遗传咨询、风险分层和个性化管理（如结肠镜监测和预防措施）提供了重要依据，并呼吁未来扩大样本量、开展功能验证及探索非编码区变异，以优化临床解读和干预策略。