从海洋红藻中分离鉴定两株新交替单胞菌：Aquimarina rhodophyticola与Aquimarina besae及其生态功能分化研究

　　本研究报道了从海洋红藻中分离的两株革兰氏阴性、氧化酶和过氧化氢酶阳性、无运动性的杆状需氧细菌W85?和SS2-1?。通过多相分类学分析（包括表型、化学分类学、基因组和生态特征），研究人员确认这两株菌为交替单胞菌属（Aquimarina）的两个新种，分别命名为Aquimarina rhodophyticola sp. nov.和Aquimarina besae sp. nov.。该研究为海洋微生物资源开发及生态功能分化提供了重要依据。

　　

研究人员从海洋红藻中分离出两株革兰氏阴性（Gram-negative）、氧化酶（oxidase）和过氧化氢酶（catalase）阳性、无运动性（non-motile）、杆状（rod-shaped）的需氧细菌（aerobic bacteria），分别命名为菌株W85?和SS2-1?。菌株W85?的最适生长条件为30°C、pH 7.0和4.0%（w/v）氯化钠（NaCl），而菌株SS2-1?的最适生长条件为25–30°C、pH 7.0和2.0–3.0% NaCl。两株菌均以甲基萘醌-6（menaquinone-6, MK-6）作为唯一呼吸醌（respiratory quinone），并共有主要脂肪酸成分：iso-C_15:0、 summed feature 9（包含C_16:0 10-methyl和/或iso-C_17:1 ω9c）以及iso-C_15:1 G；此外，菌株W85?中还含有iso-C_15:0 3-OH。主要极性脂（polar lipids）为磷脂酰乙醇胺（phosphatidylethanolamine, PE）和双磷脂酰甘油（diphosphatidylglycerol, DPG）。

两株菌的完整基因组测序显示：W85?基因组大小为3.67 Mb（含3,151个基因），SS2-1?为5.14 Mb（含4,564个基因），两者DNA G + C含量均为34.1%。基因组注释（genome annotation）结果表明，菌株SS2-1?含有129个碳水化合物活性酶（carbohydrate-active enzymes, CAZymes）基因，远多于W85?的60个，暗示其具有更强的多糖降解能力（polysaccharide-degrading capacity）。生态分布分析（ecological distribution analysis）进一步揭示这两株菌占据不同的生态位（ecological niches），可能反映了功能特化（functional specialization）的进化策略。

两菌株的16S rRNA基因相似性为95.0%，平均核苷酸一致性（average nucleotide identity, ANI）为71.9%，数字化DNA-DNA杂交（digital DNA-DNA hybridization, dDDH）值为18.5%，均低于物种界定阈值。基于16S rRNA基因和全基因组序列的系统发育分析（phylogenetic analyses）证实，W85?和SS2-1?在交替单胞菌属（Aquimarina）内形成两个独立分支。此外，它们与其他模式菌株（type strains）的ANI和dDDH值也远低于物种划分阈值。

基于上述表型、化学分类学、基因组和生态特征，研究者提议将W85?和SS2-1?分别命名为新种Aquimarina rhodophyticola sp. nov.（模式菌株W85? = KACC 23858? = DSM 119937?）和Aquimarina besae sp. nov.（模式菌株SS2-1? = KACC 23859? = DSM 119931?）。